Stuart jest inteligentny, przemiły, nosi ubranka szyte na miarę i nie ma nikogo na świecie. Jest małą myszką, którą adoptuje nowojorska rodzina państwa Malutkich (Geena Davis i Hugh Laurie). Ich syn George (Jonathan Lipnicki), nie kryje swego rozczarowania, nie tak bowiem wyobrażał sobie nowego braciszka. Stuart nie daje jednak za wygraną i wkrótce zaskarbia sobie sympatię chłopca. Pojawienie się Stuarta wyprowadza z równowagi kota państwa Malutkich, Śnieżka, który postanawia pozbyć się uprzykrzonego intruza. Za radą kotów z sąsiedztwa wynajmuje parę myszy-oszustów, które zjawiają się w domu państwa Malutkich podając się za prawdziwych rodziców Stuarta. Stuart chcąc nie chcąc opuszcza gościnny dom Malutkich i wyrusza w nieznane. Nie minie jednak wiele czasu, a państwo Malutcy odkryją podstęp Śnieżka i wyruszą na poszukiwania Stuarta, którego zdążyli pokochać jak własnego syna.