Dwa lata po rozwiązaniu Mystery Inc,. wymuszonym różnicą charakterów wspólników, Scooby-Doo i jego przyjaciele Fred (FREDDIE PRINZE JR.), Daphne (SARAH MICHELLE GELLAR), Shaggy (MATTHEW LILLARD) i Velma (LINDA CARDELLINI) zostają wezwani na Wyspę Strachów, gdzie mają zbadać serię paranormalnych wydarzeń, jakie ostatnio miały miejsce w tym niezwykle modnym miejscu studenckiego wypoczynku.

Właściciel Wyspy Strachów, Emile Mondavarious (ROWAN ATKINSON), obawia się, że jego popularny kurort rzeczywiście może być nawiedzony. Robi wszystko, co w jego mocy, by pojednać skłóconych członków grupy i pomóc im w wyjaśnieniu tajemnicy, nim nadnaturalne zjawiska wystraszą tłumy jego gości.