Aleksandria, początek V wieku naszej ery. Rozwija się chrześcijaństwo. Davus (Max Minghella) to niewolnik zakochany w swej pięknej pani - wybitnej filozofce i astronomce Hypatii (Rachel Weisz). Podczas gdy Hypatia ze wszystkich sił stara się uratować od zapomnienia wiedzę i mądrość starożytnego świata przed narastającym fundamentalizmem religijnym, Davus jest rozdarty pomiędzy miłością a nową religią, która obiecuje wolność. W dodatku, o względy Hypatii ubiega się należący do elity miasta Orestes (Oscar Isaac).