Związki amonowe są pierwszymi produktami w przemianie azotu białkowego. W wodzie o odczynie pH poniżej 7 występują w postaci mało szkodliwego jonu amonowego NH4+. Przy wartościach pH rosnących powyżej 7 wzrasta procentowa zawartość trującego wolnego amoniaku. Stężenie amoniaku powyżej 0,1 mg/l staje się już szkodliwe dla narybku, od 0,2 do 0,5 mg/l jest szkodliwe także dla bardziej wrażliwych dorosłych ryb, a zawartość powyżej 1,0 mg/l stanowi śmiertelne zagrożenie dla ryb dorosłych. Ogólna zawartość związków amonowych 1 mg/l przy pH wody 9,0 jest już szkodliwa, natomiast 10 mg/l przy pH 7,0 nie stanowi niebezpieczeństwa.

W przypadku przekroczenia dopuszczalnych zawartości amoniaku należy obniżyć pH do około 7, a następnie wymienić wodę częściowo lub prawie całkowicie w zależności od stężenia związków amonowych. Pożądane jest efektywne napowietrzanie.