The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D to platformowa gra przygodowa z elementami zręcznościowymi i cRPG. Głównym bohaterem gry jest Link - chłopiec mieszkający w lesie Kokili w królestwie Hyrule. Postać podejmuje się misji odnalezienia Kamieni Dusz służących do ochrony Trójmocy. Sytuację komplikuje fakt, iż miejsce przebywania kamieni zostało zaklęte przez złego Ganondorfa. Zabawa polega w głównej mierze na przemierzaniu świata gry, poszukiwaniu określonych przedmiotów, staczaniu walk z napotkanymi przeciwnikami i rozwiązywaniu zagadek, a także wykonywaniu misji (m.in. wyrzucenie potwora mieszkającego w kopalni). Wędrówkę po krainie ułatwia kompas. Niektórych przedmiotów pilnują bossowie, których pokonanie wymaga zastosowanie odmiennych taktyk. W tym celu do dyspozycji użytkownika oddano rozmaite bronie, np. łuk i procę.