Tom I

Przedmowa ... 13

I. ŚWIAT MIKROORGANIZMÓW I SUBKOMÓRKOWYCH STRUKTUR ZAKAŹNYCH – Konrad Malicki

1. Występowanie jednokomórkowych form życia w otaczającym nas świecie ... 17
2. Udział mikroorganizmów w kształtowaniu biosfery kuli ziemskiej ... 18
3. Miejsce mikroorganizmów i subkomórkowych, zakaźnych mikrostruktur w systemie naturalnej klasyfikacji ... 20
4. Ewolucja systemów komórkowych ... 21
5. Porównanie budowy komórki eukariotycznej i prokariotycznej ... 25
6. Powstanie życia na Ziemi ... 26

II. HIGIENA I BEZPIECZEŃSTWO PRACY W LABORATORIUM MIKROBIOLOGICZNYM – Konrad Malicki

1. Ogólna charakterystyka zagrożeń ... 35
2. Nowe zagrożenia dla życia i zdrowia ludzi oraz zwierząt i roślin na przełomie XX i XXI wieku ... 36
3. Przepisy porządkowe obowiązujące w codziennej pracy w laboratorium bakteriologicznym prowadzącym badania rozpoznawcze, zajęcia dydaktyczne oraz badania naukowe ... 38

4. Sposoby przeciwdziałania ujemnym następstwom wypadku z zakaźnym materiałem ... 42

4.1. Odkażanie stanowiska pracy po rozlaniu zakaźnego materiału ... 42
4.2. Postępowanie w przypadku otarcia naskórka, skaleczenia, ukąszenia przez zwierzę doświadczalne itp. ... 42
4.3. Postępowanie w wypadku pryśnięcia zakaźnego materiału do oka ... 43
4.4. Postępowanie w wypadku dostania się zakaźnego materiału do jamy ustnej ... 43

III. PODSTAWY METODYCZNE

1. Metody mikroskopowe – Konrad Malicki ... 48

1.1. Sposoby badania mikroskopowego i rodzaje mikroskopów ... 50

1.2. Przygotowanie preparatów mikroskopowych do badania bakterii ... 53
1.2.1. Technika przygotowywania preparatu do barwienia pozytywnego ... 55
1.2.2. Barwienie pozytywne ... 57
1.2.3. Przygotowanie preparatu mikroskopowego negatywowo barwionego ... 59
1.2.4. Przygotowanie preparatu mikroskopowego z bakterii niebarwionych ... 59

1.3. Budowa i zasada działania zwykłego mikroskopu świetlnego ... 60
1.3.1. Układ mechaniczny mikroskopu ... 60
1.3.2. Układ optyczny mikroskopu ... 61
1.3.3. Bieg promieni w zwykłym mikroskopie ... 66
1.3.4. Powiększenie mikroskopu ... 66
1.3.5. Obsługa mikroskopu świetlnego ... 66

1.4. Zasada działania i zastosowania mikroskopu z ciemnym polem ... 69
1.5. Zasada działania i zastosowania mikroskopu fazowo-kontrastowego ... 70
1.6. Inne systemy badania mikroskopowego – mikroskopia trójwymiarowa (D3-Microscopy) i mikroskopia konfokalna ... 71

1.7. Kierunki dalszego rozwoju metod badania mikroskopowego ... 75
1.7.1. Rozwój ilościowych metod oceny i analizy obrazu mikroskopowego ... 75
1.7.2. Komputerowa analiza obrazu mikroskopowego w badaniach morfo i fotometrycznych ... 76
1.7.3. Komputerowa analiza obrazu mikroskopowego w badaniu ruchów komórek ... 77

1.8. Mikroskop konfokalny FV500 – Michał Godlewski ... 78
1.8.1. Części składowe ... 79
1.8.2. Fluorochromy ... 80
1.8.3. Kontrast Nomarskiego ... 80
1.8.4. Możliwości pomiarów ... 81
1.8.5. Zastosowanie mikroskopu konfokalnego do badania komórek eukariotycznych ... 81
1.8.6. Zastosowanie mikroskopii konfokalnej do badań wirusologicznych ... 84

2. Hodowla bakterii i określanie właściwości biochemicznych ... 87

2.1. Podłoża bakteriologiczne ... 87
2.2. Podział podłoży bakteriologicznych – Małgorzata Gieryńska ... 88

2.3. Posiew na podłoża bakteriologiczne ... 91
2.3.1. Posiew na podłoże płynne ... 91
2.3.2. Posiew na podłoże stałe ... 91

2.4. Warunki inkubacji posianych podłoży ... 94

2.5. Ocena wyniku posiewu ... 96
2.5.1. Kontrola makroskopowa ... 96
2.5.2. Kontrola mikroskopowa ... 98

2.6. Izolacja czystej kultury ... 98
2.7. Przechowywanie wyizolowanych szczepów bakterii ... 99

2.8. Niszczenie drobnoustrojów ... 100
2.8.1. Sterylizacja termiczna ... 100
2.8.2. Filtracja ... 102
2.8.3. Wyjaławianie promieniami ultrafioletowymi ... 104
2.8.4. Wpływ czynników chemicznych ... 105
2.8.5. Wpływ antybiotyków na drobnoustroje ... 105

2.9. Badanie biochemicznej aktywności bakterii – metody klasyczne – Zbigniew Szynkiewicz ...108
2.9.1. Różnicowanie bakterii na podstawie zapotrzebowania wzrostowego ... 108
2.9.2. Wykrywanie niektórych enzymów wytwarzanych przez bakterie ... 109
2.9.3. Wykrywanie różnic w procesach oddychania bakterii ... 110
2.9.4. Różnicowanie bakterii na podstawie przemian cukrowców, alkoholi i glukozydów ... 112
2.9.5. Różnicowanie bakterii na podstawie przemian związków azotowych ... 116

2.10. Biochemiczne różnicowanie bakterii – metody współczesne – Magdalena Rzewuska ... 119
2.10.1. System API ... 120
2.10.2. Metoda Enterotube ... 121
2.10.3. Komputerowe systemy identyfikacji bakterii i automatyzacja ... 122

3. Próba biologiczna na zwierzętach laboratoryjnych i doświadczalnych – Borys Błaszczak, Zbigniew Szynkiewicz ... 123

3.1. Cel stosowania próby biologicznej w badaniach mikrobiologicznych ... 123
3.2. Typy zwierząt laboratoryjnych ... 125
3.3. Znakowanie zwierząt ... 125

3.4. Ujarzmianie zwierząt ... 127
3.4.1. Chwytanie zwierząt ... 127
3.4.2. Unieruchamianie zwierząt do zabiegu ... 127
3.4.3. Przygotowanie zwierząt do zabiegów bolesnych ... 128
3.4.4. Technika pobierania krwi ... 128
3.4.5. Technika zakażania ... 128

3.5. Pielęgnacja zwierząt zakażonych ... 129
3.6. Sekcja bakteriologiczna ... 129
3.7. Niszczenie zwłok zwierząt, dezynfekcja klatek i pomieszczeń ... 131
3.8. Obliczanie wyniku próby biologicznej ... 131

4. Wykrywanie i rozpoznanie swoistych antygenów czynnika zakaźnego – praktyczne znaczenie serologicznej identyfikacji zarazka – Marek Niemiałtowski, Konrad Malicki ... 133

4.1. Rodzaje odczynów serologicznych i ich ogólny podział ... 140

4.2. Klasyczne odczyny (testy) serologiczne ... 143
4.2.1. Odczyn aglutynacji ... 143
4.2.2. Odczyn precypitacji ... 145
4.2.3. Immunoelektroforeza ... 145
4.2.4. Odczyn wiązania dopełniacza (OWD) ... 146
4.2.5. Odczyn seroneutralizacji (SN) ... 146

4.3. Odczyny immunoenzymatyczne i radioimmunologiczne ... 147
4.4. Odczyny (testy) odczytywane w obserwacji mikroskopowej (świetlnej lub elektronowej) ...148
4.5. Wykrywanie lokalizacji antygenu w tkankach lub komórkach ... 150
4.6. Identyfikacja i charakterystyka białek antygenu ... 152
4.7. Podsumowanie ... 152

5. Wykrywanie i rozpoznawanie genetycznego materiału czynnika zakaźnego – Danuta Klimuszko, Marcin Bańbura ... 153

5.1. Izolacja i oczyszczanie materiału genetycznego ... 154
5.1.1. DNA prokariotyczny – plazmidowy i chromosomalny ... 154
5.1.2. DNA eukariotyczny ... 156
5.1.3. Wirusowe kwasy nukleinowe ... 156
5.1.4. Specyfika izolacji RNA ... 156

5.2. Analiza restrykcyjna DNA ... 157
5.3. Klonowanie genów ... 158

5.4. Elektroforeza żelowa ... 159
5.4.1. Żele agarozowe ... 159
5.4.2. Żele poliakrylamidowe ... 160

5.5. Sondy molekularne ... 160
5.6. Hybrydyzacja kwasów nukleinowych ... 163
5.7. Sekwencjonowanie DNA ... 165

5.8. Reakcja łańcuchowej polimeryzacji ... 167
5.8.1. Zasada metody podstawowej ... 167
5.8.2. Odmiany PCR ... 169
5.8.3. Zastosowanie PCR ... 172

IV. PODSTAWY BADANIA MYKOLOGICZNEGO – Bożena Dworecka-Kaszak

1. Specyfika badania mykologicznego ... 177

2. Technika badania mykologicznego ... 178

2.1. Pobieranie materiału do badań ... 178
2.2. Badanie mikroskopowe ... 179

2.3. Hodowla i izolacja grzybów ... 182
2.3.1. Podłoże Sabouraud (SGA lub SDA) ... 183
2.3.2. Podłoże Czapeka (CzA) ... 183
2.3.3. Podłoże Littmana ... 183
2.3.4. Agar z brzeczką piwną (agar maltozowy MEA) ... 183
2.3.5. Podłoże mleczne (Milk Medium MM) ... 183
2.3.6. Agar do identyfikacji dermatofitów (Dermatophyte test medium DTM) ... 183
2.3.7. Agar ryżowy (RAT Medium) ... 184
2.3.8. Podłoże Leeminga (LNA) ... 184
2.3.9. Dodatki specjalne ... 184
2.3.10. Warunki inkubacji posianych podłoży ... 185

2.4. Identyfikacja grzybów ... 185
2.4.1. Odróżnianie dermatofitów od grzybów saprofitycznych ... 185
2.4.2. Grzyby drożdżopodobne ... 190
2.4.3. Grzyby pleśniowe ... 192
2.4.4. Identyfikacja grzybów dimorficznych ... 192
2.4.5. Szybkie testy komercyjne do identyfikacji grzybów ... 192

2.5. Diagnostyka serologiczna ... 194
2.6. Diagnostyka molekularna ... 195
2.7. Określanie lekowrażliwości grzybów ... 195

3. Technika rozpoznawania mykotoksykoz ... 196

3.1. Identyfikacja grzybów toksynotwórczych ... 196
3.2. Bezpośrednie wykrycie mykotoksyn ... 196

V. TAKSONOMIA BAKTERII – Marian Binek, Konrad Malicki, Borys Błaszczak

1. Od klasyfikacji fenotypowej do naturalnej ... 201
2. Zasady identyfikacji bakterii ... 205
3. Podział świata ożywionego ... 205
4. Rodzaje bakterii ważnych w weterynarii i medycynie ... 208

VI. OGÓLNE BADANIA BAKTERIOLOGICZNE MATERIAŁU KLINICZNEGO POBRANEGO OD ZWIERZĄT

1. Wprowadzenie – Konrad Malicki, Marian Binek ... 219

2. Pobieranie i transport materiału ... 220

2.1. Wymazy ... 221
2.2. Strzykawki ... 221
2.3. Probówki, pojemniki, butelki ... 222
2.4. Pożywki i podłoża transportowe ... 222
2.5. Oznakowanie materiału i skierowanie do badania ... 223

3. Zasady przyjmowania i rejestracji materiału otrzymanego do badania ... 223
4. Ogólny schemat postępowania przy identyfikacji chorobotwórczych bakterii ... 224

5. Nieukierunkowane badanie bakteriologiczne materiału klinicznego od chorych zwierząt – Marian Binek, Konrad Malicki, Borys Błaszczak ... 229
5.1. Badanie bakteriologiczne ropy i wymazów z ran ... 230
5.1.1. Umiejscowienie procesów ropnych ... 230
5.1.2. Drobnoustroje ropotwórcze i środowisko ich bytowania ... 230
5.1.3. Materiał do badań ... 232
5.1.4. Bezpośrednie badanie mikroskopowe ... 235
5.1.5. Posiew na podłoża bakteriologiczne ... 236
5.1.6. Wykonanie antybiogramu ... 237
5.1.7. Różnicowanie gramdodatnich ziarniaków (rodzaj Staphylococcus i Streptococcus) i innych bakterii izolowanych z procesów ropnych ... 244

5.2. Badanie innych materiałów ... 250
5.2.1. Ogólne badanie bakteriologiczne moczu ... 250
5.2.2. Badanie bakteriologiczne płynu mózgowo-rdzeniowego ... 253
5.2.3. Badanie bakteriologiczne punktatów z jam ciała ... 253
5.2.4. Ogólne badanie bakteriologiczne krwi ... 254

5.3. Badanie bakteriologiczne mleka na obecność drobnoustrojów patogennych dla gruczołu mlekowego krowy ... 255
5.3.1. Drobnoustroje atakujące gruczoł mlekowy ... 255
5.3.2. Typy mastitis u krów w zależności od sposobu szerzenia się ... 259
5.3.3. Materiał i jego pobieranie ... 268
5.3.4. Posiewy na podłoża ... 268
5.3.5. Bezpośrednie badanie bakterioskopowe mleka ... 269
5.3.6. Inkubacja posianych podłoży i odczyt wyniku ... 270
5.3.7. Identyfikacja drobnoustrojów patogennych dla gruczołu mlekowego krowy ... 270
5.3.8. Określanie wrażliwości drobnoustrojów na chemioterapeutyki ... 275
5.3.9. Zasady leczenia ... 275


Tom II

VII. UKIERUNKOWANE BADANIA BAKTERIOLOGICZNE RUTYNOWO WYKONYWANE W LABORATORIACH WETERYNARYJNYCH

1. Badania ukierunkowane w zakresie krętków – Marian Binek, Magdalena Rzewuska ... 23

1.1. Charakterystyka krętków ... 23

1.2. Diagnostyka laboratoryjna boreliozy ... 25
1.2.1. Diagnostyka laboratoryjna boreliozy ptaków ... 26
1.2.2. Diagnostyka laboratoryjna boreliozy ssaków (choroby z Lyme) ... 26

1.3. Diagnostyka laboratoryjna leptospirozy zwierząt ... 28
1.3.1. Badanie bakteriologiczne ... 31
1.3.2. Ukierunkowane badanie serologiczne ... 34
1.3.3. Próba biologiczna ... 35
1.3.4. Metody biologii molekularnej ... 35

1.4. Diagnostyka laboratoryjna dyzenterii świń i biegunek krętkowych ... 35
1.4.1. Ukierunkowane badanie bakteriologiczne ... 37
1.4.2. Wykrywanie krętków w materiale metodami biologii molekularnej ... 40
1.4.3. Badanie serologiczne świń w stadzie ... 40

1.5. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez Treponema u zwierząt i człowieka 40
1.5.1. Badanie w kierunku Treponema paraluiscuniculi ... 40
1.5.2. Badanie w kierunku kiły ... 41
1.5.2.1. Badanie bakteriologiczne ... 41
1.5.2.2. Badanie serologiczne ... 42

2. Badania ukierunkowane w zakresie bakterii helikalnych – Danuta Klimuszko ... 43

2.1. Wprowadzenie ... 43
2.2. Badanie w kierunku kampylobakterozy ... 46
2.3. Wykrywanie zakażeń wywoływanych przez Helicobacter ... 48

3. Wykrywanie tlenowych gramujemnych pałeczek i ziarniaków – Marian Binek ... 49

3.1. Ważniejsze tlenowe pałeczki i ziarniaki oraz zakres ich ukierunkowanej diagnostyki ... 49

3.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywołanych przez bakterie z rodzaju
Bartonella ... 51
3.2.1. Ważniejsze gatunki rodzaju Bartonella ... 51
3.2.2. Badanie bakteriologiczne ... 53
3.2.3. Badanie serologiczne ... 53

3.3. Diagnostyka laboratoryjna brucelozy ... 53
3.3.1. Charakterystyka pałeczek rodzaju Brucella ... 53
3.3.2. Badanie bakteriologiczne ... 56
3.3.3. Badanie serologiczne ... 57
3.3.4. Próba biologiczna ... 60

3.4. Diagnostyka laboratoryjna nosacizny i melioidozy ... 60
3.4.1. Chorobotwórczość Burkholderia mallei ... 60
3.4.2. Ukierunkowane badanie bakteriologiczne ... 61
3.4.3. Badanie serologiczne ... 62
3.4.4. Próba biologiczna w kierunku nosacizny ... 63
3.4.5. Inne metody ... 63
3.4.6. Chorobotwórczość Burkholderia pseudomallei i B. cepacia ... 63

3.5. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki Bordetella ... 64
3.5.1. Charakterystyka pałeczek Bordetella ... 64
3.5.2. Diagnostyka laboratoryjna zakaźnego zanikowego zapalenia nosa (ZZZN) u świń ... 65
3.5.3. Badanie bakteriologiczne ... 66
3.5.4. Wykrywanie toksyny dermonekrotycznej ... 67

3.6. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Taylorella ... 67
3.6.1. Charakterystyka pałeczek Taylorella ... 67
3.6.2. Badanie bakteriologiczne ... 68
3.6.3. Badanie serologiczne ... 68
3.6.4. Inne metody ... 68

3.7. Diagnostyka laboratoryjna tularemii ... 69
3.7.1. Charakterystyka pałeczek z rodzaju Francisella ... 69
3.7.2. Ukierunkowane badanie bakteriologiczne ... 70
3.7.3. Ukierunkowane badanie serologiczne ... 71
3.7.4. Próba biologiczna ... 71

3.8. Diagnostyka laboratoryjna gorączki Q ... 72
3.8.1. Właściwości biologiczne i chorobotwórczość pałeczek Coxiella ... 72
3.8.2. Badanie bakteriologiczne ... 73
3.8.3. Próba biologiczna ... 74
3.8.4. Badanie serologiczne ... 74
3.8.5. Inne metody ... 74
3.8.6. Przebieg zakażenia u człowieka ... 75

3.9. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Pseudomonas ... 75
3.9.1. Właściwości pałeczek z rodzaju Pseudomonas ... 75
3.9.2. Badanie bakteriologiczne ... 76

3.10. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Moraxella ... 78
3.10.1. Charakterystyka pałeczek z rodzaju Moraxella ... 78
3.10.2. Badanie bakteriologiczne ... 78
3.10.3. Próba biologiczna ... 80

3.11. Inne rodzaje bakterii mające znaczenie w medycynie i weterynarii ... 80
3.11.1. Diagnostyka rzeżączki ... 81
3.11.2. Diagnostyka meningokokowego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych ... 81
3.11.3. Wykrywanie bakterii z rodzaju Legionella ... 82
3.11.3.1. Badanie bakteriologiczne ... 82
3.11.3.2. Badanie serologiczne ... 83
3.11.4. Chorobotwórczość bakterii z rodzaju Stenotrophomonas ... 83
3.11.5. Chorobotwórczość bakterii z rodzaju Acinetobacter ... 83

4. Badania w zakresie względnie beztlenowych gramujemnych pałeczek – Konrad Malicki ... 85

4.1. Badanie bakteriologiczne w kierunku pałeczek z rodziny Enterobacteriaceae ... 90
4.1.1. Pałeczki jelitowe ... 90
4.1.2. Cechy morfologiczne pałeczek jelitowych ... 92
4.1.3. Cechy hodowlane i fizjologiczne pałeczek jelitowych ... 92
4.1.4. Podłoża bakteriologiczne ... 93
4.1.5. Właściwości biochemiczne przydatne do różnicowania ważniejszych rodzajów pałeczek jelitowych ... 105
4.1.6. Rodzaje antygenów komórkowych u pałeczek jelitowych ... 106
4.1.7. Badania bakteriologiczne w kierunku pałeczek rodzaju Salmonella ... 110
4.1.7.1. Podział rodzaju Salmonella na gatunki i podgatunki ... 110
4.1.7.2. Schemat klasyfikacyjny Kauffmanna-White’a-Le Minora ... 110
4.1.7.3. Zasady nazewnictwa pałeczek rodzaju Salmonella ... 112
4.1.7.4. Chorobotwórczość salmonelli ... 113
4.1.7.5. Badany materiał ... 115
4.1.7.6. Rutynowe badanie bakteriologiczne (poszerzone) ... 116
4.1.7.7. Ukierunkowana diagnostyka bakteriologiczna salmonellozy ptaków, świń i innych ssaków ... 119
4.1.7.8. Bakteriologiczne wykrywanie salmonelli w nieklinicznym materiale ... 119
4.1.7.9. Uwagi metodyczne ... 121
4.1.7.10. Biochemiczna identyfikacja pałeczek Salmonella sp. ... 122
4.1.7.11. Serologiczna identyfikacja pałeczek Salmonella sp. ... 122
4.1.7.12. Epidemiologiczne typowanie salmonelli ... 123
4.1.7.13. Ukierunkowana diagnostyka serologiczna salmonelloz ... 126
4.1.7.13.1. Odczyn Widala u ludzi ... 126
4.1.7.13.2. Odczyn aglutynacji u zwierząt ... 127
4.1.8. Diagnostyka pałeczek z rodzaju Shigella ... 129
4.1.9. Bakteriologiczne rozpoznanie oportunistycznych zakażeń, wywoływanych przez warunkowo chorobotwórcze pałeczki z rodzaju Escherichia ... 132
4.1.9.1. Podział na gatunki ... 132
4.1.9.2. Cechy morfologiczne i hodowla pałeczek Escherichia ... 132
4.1.9.3. Właściwości biochemiczne pałeczek z rodzaju Escherichia ... 133
4.1.9.4. Budowa antygenowa i serotypy patogenne ... 134
4.1.9.5. Fizjologiczne bytowanie pałeczek Escherichia w organizmie ... 137
4.1.9.6. Czynniki predysponujące wystąpienie zakażenia ... 137
4.1.9.7. Rodzaje oportunistycznych zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Escherichia ... 138
4.1.9.8. Genetycznie uwarunkowane czynniki chorobotwórczości pałeczek rodzaju Escherichia 139
4.1.9.9. Lokalizacja oportunistycznych zakażeń u ludzi i zwierzat ... 141
4.1.9.10. Wykrywanie i identyfikacja pałeczek z rodzaju Escherichia,
uczestniczących w oportunistycznych zakażeniach u zwierząt ... 144
4.1.9.11. Identyfikacja chorobotwórczości szczepu Escherichia coli – Jacek Osek, Konrad Malicki ... 149
4.1.9.12. Ukierunkowane wykrywanie pałeczek Escherichia coli serotypu O157:H7 – Jacek Osek 156
4.1.9.13. Badania mikrobiologiczne w zakresie higieny produkcji i środowiska – Konrad Malicki 160
4.1.10. Diagnostyka laboratoryjna dżumy i yersinioz – Antoni Jakubczak ... 166
4.1.10.1. Podział rodzaju Yersinia na gatunki ... 166
4.1.10.2. Budowa antygenowa yersinii ... 168
4.1.10.3. Chorobotwórczość yersinii ... 169
4.1.10.4. Ukierunkowana diagnostyka laboratoryjna dżumy ... 172
4.1.10.5. Ukierunkowana diagnostyka laboratoryjna yersinioz ... 173
4.1.10.6. Terapia i profilaktyka yersinioz ... 178
4.1.11. Bakterie z rodzaju Calymmatobacterium – Marian Binek ... 179

4.2. Diagnostyka laboratoryjna chorób wywoływanych przez pałeczki z rodzajów Vibrio, Aeromonas i Plesiomonas – Antoni Jakubczak ... 180
4.2.1. Diagnostyka laboratoryjna cholery ... 184
4.2.1.1. Badanie bakteriologiczne ... 184
4.2.1.2. Identyfikacja serologiczna ... 184
4.2.1.3. Badanie patogenności wyizolowanego szczepu ... 184
4.2.1.4. Wykorzystanie PCR do wykrywania genów kodujących czynniki wirulencji ... 184
4.2.2. Wykrywanie pałeczek z rodzajów Aeromonas i Plesiomonas u ryb, ptaków i w żywności morskiej ... 185
4.2.2.1. Badanie bakteriologiczne ryb ... 185
4.2.2.2. Badanie bakteriologiczne próbek żywności i innych ... 186

4.3. Badania bakteriologiczne związane z wykrywaniem pałeczek rodziny Pasteurellaceae – Marian Binek ... 186
Taksonomiczne zaszeregowanie i ogólna charakterystyka ... 186

4.3.1. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Pasteurella 187
4.3.1.1. Ogólna charakterystyka bakterii z rodzaju Pasteurella ... 187
4.3.1.2. Materiał do badań ... 189
4.3.1.3. Badanie bakteriologiczne ... 189
4.3.1.4. Próba biologiczna ... 190
4.3.2. Badanie w kierunku zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Mannheimia ... 191
4.3.3. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Actinobacillus ... 192
4.3.3.1. Ogólna charakterystyka bakterii z rodzaju Actinobacillus ... 192
4.3.3.2. Materiał do badań ... 193
4.3.3.3. Badanie bakteriologiczne ... 193
4.3.4. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez pałeczki z rodzaju Haemophilus 195
4.3.4.1. Ogólna charakterystyka bakterii z rodzaju Haemophilus ... 195
4.3.4.2. Materiał do badań ... 196
4.3.4.3. Badanie bakteriologiczne ... 196
4.3.4.4. Badanie serologiczne ... 199

5. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez bakterie z rodzaju Ornithobacterium – Marian Binek ... 200

5.1. Ogólna charakterystyka bakterii rodzaju Ornithobacterium ... 200

5.2. Zakres ukierunkowanych badań laboratoryjnych ... 201
5.2.1. Badanie bakteriologiczne ... 201
5.2.2. Badanie serologiczne ... 203

6. Badania ukierunkowane w zakresie gramujemnych pałeczek beztlenowych � Magdalena Rzewuska ... 204

6.1. Ogólna charakterystyka grupy i ważniejszych rodzajów gramujemnych pałeczek beztlenowych ... 204
6.1.1. Charakterystyka bakterii z rodzaju Bacteroides ... 205
6.1.2. Charakterystyka beztlenowców z rodzaju Prevotella ... 208
6.1.3. Charakterystyka beztlenowców z rodzaju Porphyromonas ... 210

6.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez bakterie z rodzajów Bacteroides, Porphyromonas i Prevotella ... 212
6.2.1. Badanie bakteriologiczne ... 213
6.2.2. Metody biologii molekularnej ... 216

6.3. Charakterystyka rodzaju Dichelobacter ... 216
6.3.1. Badanie bakteriologiczne w kierunku zakaźnej zanokcicy ... 218
6.3.2. Wykrywanie D. nodosus techniką PCR ... 219
6.3.3. Badanie serologiczne ... 219

6.4. Charakterystyka bakterii z rodzaju Fusobacterium ... 219
6.4.1. Badanie bakteriologiczne zakażeń wywoływanych przez pałeczki Fusobacterium ... 222
6.4.2. Metody biologii molekularnej ... 223

6.5. Charakterystyka bakterii z rodzaju Streptobacillus – Marian Binek ... 224

7. Badania w zakresie chlamydii – Marian Binek ... 225

7.1. Ogólna charakterystyka chlamydii ... 225

7.2. Diagnostyka laboratoryjna chlamydiozy ... 227
7.2.1. Badanie bakteriologiczne ... 228
7.2.2. Badanie serologiczne ... 228
7.2.3. Badanie metodami biologii molekularnej ... 228

8. Badania w zakresie riketsji – Marian Binek ... 229

8.1. Charakterystyka pałeczek Rickettsia i ich chorobotwórczości ... 229

8.2. Badanie bakteriologiczne w kierunku riketsjoz ... 232
8.2.1. Badanie bakteriologiczne ... 232
8.2.2. Izolacja i hodowla ... 232
8.2.3. Badanie serologiczne ... 232
8.2.4. Badanie metodami biologii molekularnej ... 232

9. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywołanych przez Lawsonia intracellularis – Marian Binek, Joanna Pławińska ... 233

9.1. Charakterystyka pałeczek Lawsonia i ich chorobotwórczości ... 233
9.2. Badanie bakteriologiczne ... 235
9.3. Badanie metodami biologii molekularnej ... 235
9.4. Badanie serologiczne ... 236

10. Badania ukierunkowane w zakresie laseczek – Marian Binek, Borys Błaszczak, Konrad Malicki, Magdalena Kizerwetter-Świda ... 237

10.1. Podstawowe cechy laseczek i ich taksonomiczne zaszeregowanie ... 237

10.2. Diagnostyka laboratoryjna chorób wywoływanych przez laseczki tlenowe należące do rodzaju Bacillus ... 238
10.2.1. Charakterystyka laseczek z rodzaju Bacillus ... 238
10.2.2. Ukierunkowana diagnostyka laboratoryjna wąglika ... 242
10.2.2.1. Badanie bakteriologiczne ... 243
10.2.2.2. Próba biologiczna ... 245
10.2.2.3. Badanie serologiczne i immunologiczne ... 246
10.2.2.4. Nowe techniki diagnostyczne ... 246
10.2.2.5. Leczenie i profilaktyka ... 246
10.2.2.6. Badanie próbek środowiskowych i surowców pochodzenia zwierzęcego na obecność przetrwalników lub antygenów laseczek wąglika ... 248
10.2.3. Diagnostyka laboratoryjna zatruć pokarmowych wywoływanych przez Bacillus cereus ... 249
10.2.3.1. Badanie bakteriologiczne ... 250
10.2.3.2. Określanie zdolności wytwarzania toksyn przez Bacillus cereus 250

10.3. Diagnostyka laboratoryjna zgnilca złośliwego ... 251
10.3.1. Badanie bakteriologiczne ... 252
10.3.2. Testy dodatkowe ... 252

10.4. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń, toksykoinfekcji oraz zatruć pokarmowych wywoływanych przez beztlenowe laseczki z rodzaju Clostridium ... 253
10.4.1. Ogólna charakterystyka laseczek beztlenowych z rodzaju Clostridium ... 253
10.4.2. Środowisko bytowania i właściwości fizjologiczne laseczek z rodzaju Clostridium ... 253
10.4.3. Podział gatunków rodzaju Clostridium z klinicznego punktu widzenia ... 255
10.4.4. Chorobotwórczość laseczek z rodzaju Clostridium ... 257
10.4.5. Zasady ukierunkowanej diagnostyki laboratoryjnej ... 261
10.4.6. Uwagi techniczne dotyczące sposobu wykonywania badań ... 261
10.4.7. Diagnostyka laboratoryjna zgorzeli gazowej, obrzęku złośliwego i szelestnicy ... 262
10.4.7.1. Badanie bakteriologiczne ... 263
10.4.7.2. Różnicowanie i identyfikacja z zastosowaniem FAT ... 263
10.4.8. Badanie laboratoryjne w kierunku enterotoksemii ... 264
10.4.8.1. Badanie bakteriologiczne ... 265
10.4.8.2. Wykrywanie i identyfikacja toksyn(y) – metoda tradycyjna ... 265
10.4.9. Wykrywanie toksyn Clostridium perfringens metodami biologii molekularnej ... 266
10.4.9.1. Wykrywanie genów kodujących toksyny główne Clostridium perfringens ... 267
10.4.9.2. Wykrywanie genu kodującego enterotoksynę Clostridium perfringens ... 268
10.4.9.3. Wykrywanie genu kodującego toksynę beta-2 Clostridium perfringens ... 270
10.4.10. Diagnostyka laboratoryjna tężca ... 271
10.4.10.1. Badanie bakteriologiczne ... 272
10.4.10.2. Wykrywanie toksyny w materiale bezpośrednim ... 272
10.4.11. Diagnostyka laboratoryjna botulizmu ... 274
10.4.11.1. Bezpośrednie wykrywanie toksyny botulinowej ... 277
10.4.11.2. Pośrednie wykrywanie toksyny botulinowej ... 277

11. Badania ukierunkowane w zakresie regularnych gramdodatnich pałeczek – Marian Binek, Borys Błaszczak, Magdalena Kizerwetter-Świda ... 279

11.1. Wprowadzenie ... 279

11.2. Ukierunkowana diagnostyka laboratoryjna różycy ... 280
11.2.1. Właściwości włoskowca różycy ... 280
11.2.2. Badanie bakteriologiczne ... 282
11.2.3. Próba biologiczna ... 285

11.3. Diagnostyka laboratoryjna listeriozy ... 285
11.3.1. Badanie bakteriologiczne ... 287
11.3.2. Próba biologiczna ... 290

11.4. Inne rodzaje regularnych gramdodatnich pałeczek ... 290
11.4.1. Charakterystyka bakterii z rodzaju Lactobacillus ... 290
11.4.2. Właściwości probiotyczne Lactobacillus sp. ... 293
11.4.3. Mechanizm oddziaływania bakteriocyn wytwarzanych przez bakterie gramdodatnie ... 294

12. Badania ukierunkowane w zakresie prątków – Natalia Zalewska ... 297

12.1. Chorobotwórczość prątków ... 297
12.2. Prątki kompleksu Mycobacterium tuberculosis ... 298
12.3. Gatunki prątków niegruźliczych (MOTT) i ich znaczenie w patogenezie ... 298
12.4. Morfologia prątków ... 301
12.5. Warunki namnażania prątków in vitro ... 303
12.6. Budowa antygenowa ... 305

12.7. Diagnostyka bakteriologiczna gruźlicy i mykobakterioz ... 305
12.7.1. Pobieranie materiału ... 305
12.7.2. Mikroskopowe wykrywanie prątków w materiale diagnostycznym ... 306
12.7.2.1. Wykonanie preparatu ... 307
12.7.2.2. Technika oglądania preparatów ... 307
12.7.2.3. Błędy metody ... 308
12.7.3. Wykrywanie prątków gruźlicy metodą posiewów ... 308
12.7.3.1. Przygotowanie materiału do posiewu ... 309
12.7.3.2. Metody homogenizacji i dekontaminacji materiału diagnostycznego ... 309
12.7.3.3. Konwencjonalne metody hodowli prątków ... 311
12.7.3.4. Szybkie metody hodowli prątków ... 313
12.7.3.5. Interpretacja wyników hodowli prątków ... 314
12.7.3.6. Błędy metody ... 315

12.8. Badanie lekowrażliwości prątków ... 316
12.8.1. Zasady ogólne ... 316
12.8.2. Błędy metody ... 318

12.9. Różnicowanie biochemiczne i identyfikacja prątków ... 318
12.9.1. Zasady ogólne ... 318
12.9.2. Przygotowanie zawiesiny prątków ... 318
12.9.3. Szczepy kontrolne ... 318
12.9.4. Kalendarz odczytu testów biochemicznych ... 320
12.9.5. Określanie właściwości chromogennych szczepu ... 320
12.9.6. Wykonywanie testów i oznaczeń ... 321

12.10. Formułowanie wyników badania bakteriologicznego ... 323
12.11. Biologiczne wykrywanie prątków gruźlicy ... 323

12.12. Nowoczesne metody diagnostyki gruźlicy ... 323
12.12.1. Metody genetyczne ... 323
12.12.2. Metody chromatograficzne ... 326
12.12.3. Metody serologiczne ... 326

13. Badania ukierunkowane w zakresie nieregularnych gramdodatnich bakterii – Marian Binek, Magdalena Rzewuska ... 329

13.1. Charakterystyka ważniejszych nieregularnych gramdodatnich pałeczek ... 329

13.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez promieniowce z rodzaju Actinomyces ze szczególnym uwzględnieniem rozpoznawania promienicy ... 332
13.2.1. Ważniejsze gatunki rodzaju Actinomyces ... 332
13.2.2. Badanie bakteriologiczne ... 334

13.3. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez maczugowce z rodzaju Corynebacterium ... 336
13.3.1. Ważniejsze gatunki rodzaju Corynebacterium ... 336
13.3.2. Badanie bakteriologiczne ... 337
13.3.3. Badanie serologiczne ... 338

13.4. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez bakterie z rodzaju Arcanobacterium ze szczególnym uwzględnieniem A. pyogenes ... 339
13.4.1. Ważniejsze gatunki Arcanobacterium ... 339
13.4.2. Badanie bakteriologiczne ... 340

13.5. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez bakterie z rodzaju Nocardia ... 340
13.5.1. Biologiczne właściwości i znaczenie nokardii ... 340
13.5.2. Badanie bakteriologiczne ... 342

13.6. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez bakterie z rodzaju Rhodococcus 342
13.6.1. Charakterystyka i znaczenie pałeczek z rodzaju Rhodococcus ... 342
13.6.2. Badanie bakteriologiczne ... 344
13.6.3. Badanie metodami biologii molekularnej ... 344

13.7. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez bakterie z rodzaju Dermatophilus 345
13.7.1. Charakterystyka zarazka ... 345
13.7.2. Badanie bakteriologiczne ... 345
13.7.3. Badanie serologiczne ... 346

13.8. Inne rodzaje nieregularnych gramdodatnich bakterii mających znaczenie w medycynie i weterynarii ... 346
13.8.1. Bakterie z rodzaju Micrococcus ... 346
13.8.2. Bakterie z rodzaju Gardnerella ... 346
13.8.3. Bakterie z rodzaju Propionibacterium ... 347

14. Badania ukierunkowane w zakresie mykoplazm – Marian Binek, Konrad Malicki ... 349

14.1. Ogólna charakterystyka mykoplazm ... 349
14.1.1. Odróżnianie mykoplazm od bakteryjnych form L ... 350
14.1.2. Właściwości mykoplazm i ich podział ... 351
14.1.3. Charakterystyka chorobotwórczych mykoplazm i mechanizm ich patogennego działania ..351

14.2. Diagnostyka laboratoryjna zakażeń wywoływanych przez mikroorganizmy z rodzajów Mycoplasma/Ureaplasma ... 355
14.2.1. Materiał do badań ... 355
14.2.2. Badanie bakteriologiczne ... 357
14.2.3. Badanie serologiczne ... 360
14.2.4. Metody biologii molekularnej ... 360

14.3. Rodzaje przeniesione do rodziny Mycoplasmataceae ... 360
14.3.1. Diagnostyka laboratoryjna hemobartonelozy u kotów ... 361
14.3.2. Diagnostyka laboratoryjna eperytrozoonozy u świń ... 362

VIII. WYBRANE ZAGADNIENIA MIKROFLORY ŻWACZA – Marian Binek, Magdalena Kizerwetter-Świda

1. O zielone światło dla osiadłej mikroflory makroorganizmu ... 365
2. Charakterystyka i znaczenie bakterii żwaczowych ... 366

3. Badanie bakterii żwaczowych ... 367

3.1. Metody podstawowe ... 369
3.2. Inne metody ... 370

4. Przegląd ważniejszych bakterii żwaczowych w zależności od wypełnianej funkcji ... 370

4.1. Bakterie trawiące celulozę ... 370
4.2. Bakterie rozkładające hemicelulozę ... 372
4.3. Bakterie rozkładające skrobię ... 374
4.4. Bakterie fermentujące cukry ... 375
4.5. Bakterie użytkujące kwasy ... 376
4.6. Bakterie rozkładające tłuszcze ... 377
4.7. Bakterie proteolityczne ... 377
4.8. Duże bakterie żwaczowe ... 377

5. Żwaczowe mikroorganizmy metanogenne ... 378
6. Niekorzystne dla gospodarza zjawiska zachodzące przy udziale bakterii żwaczowych ... 379
7. Wpływanie na mikroflorę żwacza ... 380

IX. METODY BARWIENIA ORAZ PODŁOŻA I TESTY

1. Barwienie preparatów bakteriologicznych – Konrad Malicki ... 385

1.1. Metody specjalne barwienia złożonego ... 385
1.1.1. Metoda Ziehl-Neelsena ... 385
1.1.2. Zmodyfikowana metoda Ziehl-Neelsena (MZN) ... 386
1.1.3. Metoda Neissera ... 386
1.1.4. Metoda Möllera ... 386
1.1.5. Metoda Schäffer-Fultona ... 387
1.1.6. Metoda Truhillo ... 387

1.2. Przygotowanie barwników do pozytywnego barwienia ... 387
1.2.1. Błękit metylenowy wg Löfflera ... 388
1.2.2. Fiolet krystaliczny (goryczkowy) ... 388
1.2.3. Fuksyna zasadowa ... 388
1.2.4. Odczynniki do metody Neissera ... 389
1.2.5. Zieleń malachitowa ... 389
1.2.6. Safranina ... 389

1.3. Bejce ... 389
1.3.1. Płyn Lugola ... 389
1.3.2. Bejca chromowa ... 389

1.4. Odbarwiacz do metody Ziehl-Neelsena ... 390
1.5. Barwniki do fluorescencyjnej diagnostyki gruźlicy ... 390
1.6. Barwnik Dienesa do barwienia mykoplazm ... 390

2. Podłoża bakteriologiczne ogólnego zastosowania – Konrad Malicki ... 390

2.1. Ogólne zasady przygotowania podłoży bakteriologicznych ... 390
2.2. Wzbogacanie podłoży bakteriologicznych w składniki odżywcze ... 392
2.3. Czynniki wzrostowe i prekursory – Zbigniew Szynkiewicz ...