Joel nie może pogodzić się z odejściem ukochanej Clementine. Staje na granicy szaleństwa, kiedy znajduje w skrzynce zawiadomienie z kliniki Lacuna Inc.: Clementine poddała się operacji usunięcia wspomnień związanych z Joelem i nie życzy sobie jakichkolwiek kontaktów z jego strony.

W akcie desperacji Joel również pragnie wymazać z pamięci wszelkie ślady po Clementine. Nawiązuje kontakt z wynalazcą techniki oczyszczania pamięci dr Howardem Mierzwiakiem. Jednak coś w najgłębszych zakamarkach jego umysłu nie pozwala w pełni poddać się skomplikowanej procedurze. Gdy dr Mierzwiak wraz z ekipą pomocników wyrusza w pogoni za Joelem w głąb jego wspomnień okazuje się, że wybicie mu z głowy Clementine jest po prostu niemożliwe.

Włamanie się do pamięci Joela pozwoli specjalistom z Lacuna Inc. wtargnąć w prawdziwe życie osób, które kochał