Archiwum X to sekcja FBI, powołana przez Hoovera do badania wszelkich zjawisk niewyjaśnionych i paranormalnych. Jedynymi pracownikami sekcji są entuzjastyczny Fox Mulder i sceptyczna Dana Scully. Serial utrzymany jest w paradokumentalnej konwecji (dokładna data i miejsce zdarzeń). W kolejnych epizodach agenci rozwiązują zagadki tajemniczych zdarzeń mających miejsce na terenie USA
DYSK 1
Odcinek 1: LITTLE GREEN MEN
Archiwum X zostało zamknięte. Mulder i Scully prowadzą standardowe sprawy jako agenci FBI. Mulder wybiera się w tajemnicy do Puerto Rico, aby uprzedzić rządową ekipę, która ma zniszczyć dowody świadczące o nawiązaniu kontaktu z istotami pozaziemskimi.
Odcinek 2: THE HOST
Agent Mulder tropi humanoida - niebezpiecznego potwora pasożytującego w podmiejskim systemie kanalizacyjnym.
Odcinek 3: BLOOD
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii wyjątkowo brutalnych zbrodni. Wszystko wskazuje na to, że morderstw dopuścili się „zwykli” mieszkańcy małego miasteczka.
Odcinek 4: SLEEPLESS
Śledztwo naprowadza Muldera oraz jego nowego partnera Aleksa Kryceka na trop naukowca biorącego udział w eksperymencie mającym na celu stworzenie super żołnierzy, którzy nie muszą spać.
DYSK 2
Odcinek 5: DUANE BARRY
Agent FBI, Duane Barry, uważa, że został uprowadzony przez obcych. Chce zostać wysłuchany, przetrzymuje więc swego psychiatrę jako zakładnika.
Odcinek 6: ASCENSION
Druki odcinek poświęcony Duane’owi Barry’emu, agentowi, na którym kosmici prowadzili eksperymenty. Skinner reaktywuje Archiwum X. Agentka Scully znika w tajemniczych okolicznościach.
Odcinek 7: 3
Mulder łączy serię śmierci z grupą współczesnych wampirów, a nie - jak głosi wersja oficjalna - z atakami niedźwiedzi.
Odcinek 8: ONE BREATH
Scully zostaje odnaleziona w prowincjonalnym szpitalu. Agentka jest w śpiączce. Mulder podejrzewa, że za jej zniknięcie i obecny stan, jest odpowiedzialny rząd.
DYSK 3
Odcinek 9: FIREWALKER
Naukowcy badający wnętrze aktywnego wulkanu odkrywają nieznaną pasożytniczą formę życia.
Odcinek 10: RED MUSEUM
Farmerzy z jednego z miasteczek w Wisconsin podejrzewają, że za uprowadzeniami odurzonych narkotykami nastolatków stoją członkowie pewnej sekty.
Odcinek 11: EXCELSIS DEI
W Excelsis Dei - domu opieki dla starszych, niedołężnych ludzi, zostaje brutalnie zaatakowana pielęgniarka. Kobieta twierdzi, że napastnik był niewidzialny. Mulder i Scully starają się dowiedzieć, kto odpowiada za napad. Czy są to rzeczywiście złe duchy...?
Odcinek 12: AUBREY
Ciężarna kobieta ma przerażające wizje. Ukazują jej się obrazy seryjnych zabójstw popełnianych na przestrzeni pół wieku. Mulder i Scully, podążając za jej wskazówkami, znajdują kolejne ciała...
DYSK 4
Odcinek 13: IRRESISTIBLE
Agenci Mulder i Scully ścigają fetyszystę, który kolekcjonuje fragmenty ciał pięknych dziewcząt. Scully jest w śmiertelnym niebezpieczeństwie.
Odcinek 14: DIE HAND DIE VERLETZ
Grupa nastolatków, podczas zabawy, wywołuje złego ducha. Jeden z chłopców ginie. Miejscowy szeryf obawia się, że chłopak padł ofiarą nieznanej sekty, wzywa więc na pomoc agentów Archiwum X.
Odcinek 15: FRESH BONES
Mulder podejrzewa, ze za śmierć dwóch żołnierzy w obozie dla haitańskich uchodźców odpowiedzialni są wyznawcy voodoo
Odcinek 16: COLONY
Mulder prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczych zaginięć trójki identycznych lekarzy i tropi mordercę, który potrafi zmieniać kształt ciała. W tym odcinku pojawia się też kobieta podająca się za Samanthę, zaginioną przed laty siostrę Foxa.
DYSK 5
Odcinek 17: END GAME
Załoga łodzi podwodnej na morzu Beauforta zostaje zaatakowana przez tajemniczy statek. Mulder odnajduje kobiety - klony, wyglądające dokładnie jak jego siostra Samantha.
Odcinek 18: FEARFUL SYMMETRY
W ZOO w Idaho zostaje popełnionych kilka zbrodni. O napaści podejrzane są zwierzęta. Świadkowie mówią jednak o działaniu niewidzialnej siły.
Odcinek 19: DØD CALM
Mulder i Scully jadą do Norwegii, by poznać tajemnicę tzw. Eksperymentu Filadelfijskiego, prowadzonego na zlecenie rządu USA podczas II wojny światowej.
Odcinek 20: HUMBUG
W miasteczku na Florydzie zostaje zamordowany artysta cyrkowy. Zbrodnia jest podobna do zabójstw popełnianych na przestrzeni ostatnich 28 lat.
DYSK 6
Odcinek 21: THE CALUSARI
Dwulatek zostaje zabity przez miniaturową kolejkę w parku, a jego rodzinę nęka seria innych tragicznych zdarzeń. Są one na tyle zagadkowe, że do akcji wkraczają agenci Archiwum X.
Odcinek 22: F. EMASCULATA
Scully prowadzi badania nad rozprzestrzeniającą się w więzieniu śmiertelną chorobą zakaźną. Mulder ściga dwóch zarażonych, zbiegłych więźniów.
Odcinek 23: SOFT LIGHT
Z hotelu w Richmond znika w tajemniczych okolicznościach kilka osób. Agenci Archiwum X zatrzymują naukowca, który - dosłownie! - boi się własnego cienia.
Odcinek 24: OUR TOWN
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w przetwórni mięsa. Jej kierownictwo może być powiązane z zaginięciem kilku osób.
DYSK 7
Odcinek 25: ANASAZI
Mulder otrzymuje od hakera dyskietkę zawierającą tajne informacje. Dotyczą one ukrywania przez Departament Obrony USA dowodów potwierdzających istnienie życia w kosmosie.
Cała prawda o Sezonie Drugim
Chris Carter opowiada o Sezonie Drugim
Tajniki efektów specjalnych
Na planie
Wycięte sceny
Zwiastuny
