Archiwum X to sekcja FBI, powołana przez Hoovera do badania wszelkich zjawisk niewyjaśnionych i paranormalnych. Jedynymi pracownikami sekcji są entuzjastyczny Fox Mulder i sceptyczna Dana Scully. Serial utrzymany jest w paradokumentalnej konwecji (dokładna data i miejsce zdarzeń). W kolejnych epizodach agenci rozwiązują zagadki tajemniczych zdarzeń mających miejsce na terenie USA

DYSK 1

Odcinek 1: PILOT

Agenci FBI Fox Mulder i Dana Scully prowadzą swoje pierwsze wspólne dochodzenie w sprawie z Archiwum X. Śledztwo dotyczy serii tajemniczych śmierci powiązanych, jak sądzi Mulder, z uprowadzeniem przez istoty pozaziemskie.

Odcinek 2: DEEP THROAT

Informacja od tajemniczego urzędnika rządowego naprowadza agentów na ślad zaginionych pilotów oblatywaczy oraz ukrywanego przez władze miejsca, w którym najprawdopodobniej ląduje UFO.

Odcinek 3: SQUEEZE

Mulder i Scully mają zatrzymać Eugene’a Toomsa. Tooms jest seryjnym mordercą, mutantem, który potrafi przecisnąć się przez najwęższe szczeliny, by dotrzeć do swych ofiar.

Odcinek 4: CONDUIT

Agenci prowadzą dochodzenie w sprawie tajemniczego zniknięcia dziewczynki. Mulder przywołuje wspomnienia uprowadzenia własnej siostry przez istoty pozaziemskie.

DYSK 2

Odcinek 5: THE JERSEY DEVIL

Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w sprawie serii brutalnych napadów, których - jak się wydaje - dokonało mięsożerny ludzki potwór.

Odcinek 6: SHADOWS

Agenci badają tajemniczą, niewidzialną siłę ochraniająca pewną młodą kobietę. Mulder sądzi, że jej opiekunem jest duch.

Odcinek 7: GHOST IN THE MACHINE

Mulder i Scully muszą pokonać komputer wyposażony w sztuczną inteligencję, który może zabijać we własnej obronie.

Odcinek 8: ICE

Agentom, uwięzionym w stacji badawczej na Antarktydzie zagraża pasożyt przejmujący kontrolę nad umysłami ludzi.

DYSK 3

Odcinek 9: SPACE

Ktoś sabotuje misję promu kosmicznego. Agent Mulder podejrzewa, że winę ponosi zły duch pochodzący z kosmosu, który opanował ciało jednego z kosmonautów.

Odcinek 10: FALLEN ANGEL

Przyszłość Archiwum X staje pod znakiem zapytanie, kiedy agent Mulder w tajemnicy bada tajne, rządowe projekty, które mają na celu zatuszowanie informacji na temat katastrofy UFO.

Odcinek 11: EVE

Mulder i Scully prowadzą poszukiwania dwóch dziewcząt, które zaginęły po tym, jak ich ojcowie zostali zabici w dokładnie taki sam sposób.

Odcinek 12: FIRE

W tym odcinku agenci Archiwum X pracują wraz z inspektorem ze Scotland Yardu. Mają odnaleźć człowieka, który potrafi wzniecać ogień siłą umysłu, i który wybrał na swe ofiary członków brytyjskiej arystokracji.

DYSK 4

Odcinek 13: BEYOND THE SEA

Scully uważa, że przeczucia więźnia z celi śmierci są jedyną szansą na powstrzymanie wyjątkowo groźnego mordercy.

Odcinek 14: GENDER BENDER

Członek pewnej sekty, który potrafi zmieniać płeć, staje się głównym podejrzanym o dokonanie serii niezwykle brutalnych mordów.

Odcinek 15: LAZARUS

Duch niebezpiecznego kryminalisty opętuje agenta FBI - byłego chłopaka Scully.

Odcinek 16: YOUNG AT HEART

Przestępca, który jakoby umarł w więzieniu lata temu, mści się na agencie Mulderze.

DYSK 5

Odcinek 17: E.B.E.

Zestrzelony na Bliskim Wschodzie statek kosmiczny jest w tajemnicy przewożony do Stanów Zjednoczonych. Mulder i Scully trafiają na ślad pasażera statku - przybysza z innej planety.

Odcinek 18: MIRACLE MAN

Muldera dręczą wizje dotyczące uprowadzenia jego siostry. Agent prowadzi śledztwo w sprawie rzekomego cudotwórcy, który wykorzystuje swój talent do leczenia i ... zabijania.

Odcinek 19: SHAPES

Agenci prowadza śledztwo w indiańskim rezerwacie w sprawie serii morderstw wiązanych z legendarnym wilkołakiem.

Odcinek 20: DARKNESS FALLS

Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci drwali, za którą odpowiedzialne mogą być tajemnicze owady.

DYSK 6

Odcinek 21: TOOMS

Eugene Tooms - seryjny morderca, mutant żywiący się ludzką wątrobą - zostaje zwolniony z więzienia. Mulder i Scully muszą go powstrzymać, zanim znów zacznie zabijać.

Odcinek 22: BORN AGAIN

Agenci prowadzą śledztwo w sprawie kilku zabójstw, z którymi powiązana jest pewna dziewczynka. Wszystko wskazuje na to, że wcielił się w nią duch zamordowanego policjanta.

Odcinek 23: ROLAND

Giną naukowcy z pewnego ośrodka badawczego, pracujący nad silnikiem najnowszej generacji. Ku zdziwieniu agentów, wszystko wskazuje na to, że za morderstwa odpowiedzialny jest opóźniony umysłowo sprzątacz.

Odcinek 24: THE ERLENMEYER FLASK

Próbując uratować Muldera z rąk porywaczy, Sully znajduje dowody, że rząd prowadzi eksperymenty na ludziach łącząc ich DNA z DNA przybyszów z kosmosu.