Głównym bohaterem jest tutaj Adol (występujący też w innych odsłonach cyklu), który doznaje amnezji zapuszczając się w zalesione rejony imperium Romun zwane Celceta. Gracz będzie zmuszony mu pomóc odzyskać pamięć, odkrywając zarazem tajemnice starożytnej cywilizacji  i obserwując zmagania rebeliantów z terenów okupowanych przez imperium.

System walki to połączenie gry akcji i RPG. Twórcy zachwalają, że Ys: Memories of Celceta pozwala na prowadzenie 
widowiskowych starć bez skomplikowanego sterowania. Jednym przyciskiem możemy odpalać najróżniejsze techniki, a ekranem dotykowym Vity wydawać komendy pozostałym postaciom. Co więcej, istnieje możliwość wspólnego klepania combosów z towarzyszami podróży, Falcom przygotował także tzw. Hirameki System, który premiuje starcia z potężnymi przeciwnikami. Wygrywając, automatycznie uczymy się bowiem nowych umiejętności.