Gracze wcielają się w Jasona Brody’ego, którego wakacje zostały przerwane w brutalny sposób i w wyniku nieszczęśliwego skoku ze spadochronem ląduje na wyspie, opanowanej przez psychopatycznych piratów. Co gorsza, w niewoli pozostaje grupa jego przyjaciół, a wszędzie wokoło roi się od pozbawionych skrupułów i niezbyt stabilnych psychicznie morderców. By ocalić swoich bliskich i wydostać się z tego przeklętego miejsca Jason będzie musiał szybko nauczyć się zabijać.

Far Cry 3 to pierwszoosobowa strzelanka. Większość czasu spędzamy więc na eliminowaniu wrogów wszelkimi dostępnymi metodami. Tym, co odróżnią tę grę od większości konkurencyjnych FPS-ów jest swoboda działania. Poziomy mają najczęściej strukturę otwartą i pozwalają graczom na samodzielne wybranie taktyki. Możliwe jest zarówno ciche pozbawianie życia przeciwników, jak i zabawa w stylu Rambo, gdzie z okrzykiem na ustach i karabinem w rękach wpadamy w sam środek obozu nieprzyjaciela. Ciekawym elementem jest również uproszczony system RPG. Za postępy w kampanii nagradzani jesteśmy punktami doświadczenia, za które następnie kupujemy nowe umiejętności, przypisane do trzech ścieżek rozwoju: czapli, pająka i rekina. Każda z nich nagradza inny styl eliminacji przeciwników oraz ułatwia eksplorację archipelagu.

Dodatkiem do kampanii solowej jest multiplayer, za który odpowiada Ubisoft Massive, szwedzkie studio znane ze świetnych strategii czasu rzeczywistego (np. Ground Control, World in Conflict). Producent postawił na łatwą w odbiorze rozgrywkę, scenariusze wymagające zaliczania konkretnych celów i rozbudowany system rozwoju. W jednym z trybów zabawy każda z drużyn musi podpalić zasoby przeciwnika, co zupełnie zmienia sytuację na polu walki. Ciekawym uzupełnieniem jest także minikampania kooperacyjna, gdzie maksymalnie czterech graczy stara się przetrwać 6 liniowych misji, o rosnącym stopniu trudności.