Twórcy gry postarali się wyeliminować większość aspektów Deus Ex: Invisible War, na które narzekali fani pierwowzoru – przykładem może być jeden typ amunicji dla wszystkich broni. Jednocześnie zachowano cztery charakterystyczne cechy serii – skradanie się, hakowanie, interakcje z innymi ludźmi oraz walkę. To oznacza, że w roli Jensena możemy podejść na kilka sposobów do praktycznie każdej sytuacji. Do elitarnego klubu dostaniemy się przekupując bramkarza, zabijając go, zakradając się lub łamiąc szyfr w drzwiach na zaplecze. Oczywiście nasze umiejętności są uzależnione od posiadanych wszczepów – jedna postać nie może specjalizować się we wszystkich dziedzinach, więc gracz musi dokonać wyboru według własnych upodobań.

Zrealizowanie powyższych pomysłów wymagało zastosowania kilku systemów. W przypadku skradania się możemy więc chować się za przeszkodami (wtedy oglądamy akcję z widoku TPP), korzystać z kamuflażu optycznego, ogłuszać przeciwników, a nawet przenosić ich ciała. Hakowanie paneli i komputerów zostało zrealizowane w postaci prostych mini-gierek logiczno-zręcznościowych. Rozmowy z postaciami niezależnymi przypominają takie gry jak Mass Effect – gracz otrzymuje do wyboru kilka opcji określających charakter wypowiedzi. Podczas walki korzystamy z najróżniejszych broni, które oczywiście da się w łatwy sposób podrasować. Sporym urozmaiceniem są też wszczepy zwiększające siłę bohatera – dzięki temu może on przebić ścianę i znokautować wroga stojącego za nią.

Nowy Deus Ex charakteryzuje się świetnie zrealizowaną oprawą graficzną, która operuje dwiema barwami – złotą i czarną. Kolory symbolizują odpowiednio „odrodzenie” cywilizacji ludzkiej (co jest nawiązaniem do epoki Renesansu) oraz mroczną i niepokojącą technologię. Autorzy pokusili się o więcej tego typu sprytnych symboli – jednym z nich jest układ miasta przypominający plastry miodu. W tej metaforze ludzie są bezosobowymi i masowymi elementami roju, które bezwolnie słuchają