Wyspa zaginionych to doskonale nakręcony, trzymający w napięciu film twórców Sierocińca i Labiryntu Fauna, ze skomplikowaną zagadką, której rozwiązanie jest niejednoznaczne.

Hierro (żelazo) to zapomniana przez Boga i ludzi wysepka, najbardziej wysunięta na południe część Europy. W jej kierunku wypływa Maria (Elena Anaya) wraz z pięcioletnim synem Diego. Kobieta chce odpocząć w rajskiej scenerii od zgiełku miejskiego życia i poświęcić trochę czasu dziecku. Szykują się fantastyczne wakacje... Jednak na promie chłopiec znika. Po żmudnych i nieudanych poszukiwaniach, Maria opuszcza wyspę, by po jakimś czasie znów tam powrócić. Policja wzywa ją, by zidentyfikowała ciało zaginionego syna. Maria nie rozpoznaje w nim swojego dziecka. Czekając na wyniki testu DNA, dowiaduje się, że w tym samym czasie, gdy rozpoczęły się feralne wakacje, na wyspie zaginął chłopiec. Nie wierząc policji i mieszkańcom wyspy kobieta rozpoczyna własne śledztwo. Dokąd ją to zaprowadzi?