Wyspa tajemnic to gra przygodowa, w wyraźny sposób nawiązująca do filmu Shutter Island w reżyserii Martina Scorsese i z Leonardem DiCaprio w roli głównej.

Fabuła gry w znacznym stopniu pokrywa się z wydarzeniami przedstawionymi w kinowej produkcji. Wcielamy się mianowicie w postać amerykańskiego agenta federalnego Teddy’ego Danielsa, który zostaje wysłany do szpitala dla obłąkanych o nazwie Ashecliffe, położonego na tytułowej wyspie Shutter. Zadanie głównego bohatera polega na zbadaniu tajemniczego zniknięcia jednej z pacjentek ośrodka – Rachel Solando. Śledztwo komplikuje się niedługo po dotarciu na miejsce, gdyż potężny huragan doprowadza do zerwania łączności między wyspą a resztą świata.