Agent B.J. Blazkowicz powraca, by zakończyć porachunki z nazistami. Fabuła gry rozgrywa się w roku 1943.  Sytuacja w Europie przechyla się na szalę aliantów, lecz naziści, pod dowództwem Heinricha Himmlera, nie dają za wygraną. Naukowcy pracują nad tajemniczą bronią, wspartą na praktykach okultystycznych, o nazwie Black Sun, by pomóc hitlerowcom raz na zawsze zdominować świat.