Siły Imperium oraz Wysokich Elfów próbowały doszczętnie wyplenić zło zalegające w najdalszych zakątkach Starego Świata. To już nie rozbite armie wroga, ale małe grupy dobrze zorganizowanych wojowników atakowały siedliska ludzi, zlokalizowane w pobliżu granic państwa. Wojna wcale nie miała się ku końcowi, wręcz przeciwnie – machina siejąca zniszczenie miała dopiero teraz pokazać swoją prawdziwą siłę.
Mark of Chaos to strategia rozgrywana w czasie rzeczywistym, która w całości oparta jest na stworzonym przez firmę Games Workshop świecie Warhammer. W produkcie sygnowanym logiem Namco naprzeciw siebie stają armie Ludzi, Chaosu, Wysokich Elfów oraz Skavenów (szczurzoludzi), gotowe stoczyć bój o panowanie nad światem.
W Warhammer: Mark of Chaos skoncentrowano się na walce, eliminując całkowicie opcje ekonomiczne (rozwój bazy oraz wydobycie surowców). Możemy za to w pełni decydować o składzie naszych armii, wybierając ich żołnierzy spośród przedstawicieli różnych ras (m.in. orków, goblinów, wampirów i krasnoludów). Mało tego, gracz zadecyduje również jak będą one wyglądać i jaką broń nosić. W pełni konfigurowalne są także standardy zachowań podczas bitwy.
W grze uwzględniono kampanię dla jednego gracza, obrazującą epicką opowieść o inwazji sił Chaosu (widzianą z czterech różnych perspektyw), jak również kilka trybów do potyczek w sieci, zarówno dla mniej jak i bardziej wymagających użytkowników.
