Mimo, że od czasu Wielkiej Wojny - kiedy to brutalne armie Chaosu przetoczyły się przez ziemie całego Imperium - minął ponad rok, w różnych zakątkach Starego Świata wciąż słychać odgłosy stali i jęki konających. Część nieprzyjaciół wycofała się na pustkowia w północnej części krainy, natomiast pozostałe niedobitki podzieliły się na mniejsze grupy. Nowi Czempioni próbowali zjednoczyć plemiona, ale nikomu się to nie udało. Nikt bowiem nie mógł równać się z potęga upadłego lidera armii Chaosu – Asavara Kula.

Siły Imperium oraz Wysokich Elfów próbowały doszczętnie wyplenić zło zalegające w najdalszych zakątkach Starego Świata. To już nie rozbite armie wroga, ale małe grupy dobrze zorganizowanych wojowników atakowały siedliska ludzi, zlokalizowane w pobliżu granic państwa. Wojna wcale nie miała się ku końcowi, wręcz przeciwnie – machina siejąca zniszczenie miała dopiero teraz pokazać swoją prawdziwą siłę.

Mark of Chaos to strategia rozgrywana w czasie rzeczywistym, która w całości oparta jest na stworzonym przez firmę Games Workshop świecie Warhammer. W produkcie sygnowanym logiem Namco naprzeciw siebie stają armie Ludzi, Chaosu, Wysokich Elfów oraz Skavenów (szczurzoludzi), gotowe stoczyć bój o panowanie nad światem.

W Warhammer: Mark of Chaos skoncentrowano się na walce, eliminując całkowicie opcje ekonomiczne (rozwój bazy oraz wydobycie surowców). Możemy za to w pełni decydować o składzie naszych armii, wybierając ich żołnierzy spośród przedstawicieli różnych ras (m.in. orków, goblinów, wampirów i krasnoludów). Mało tego, gracz zadecyduje również jak będą one wyglądać i jaką broń nosić. W pełni konfigurowalne są także standardy zachowań podczas bitwy.