Warhammer 40000 Squad Command to taktyczna gra akcji. Akcja gry dzieje się w przyszłości. Zadaniem gracza jest kierowanie oddziałem Ultramarines wchodzącym w skład korpusu Space Marines. Gracz kieruje oddziałem składającym się z sześciu żołnierzy. W miarę postępów w rozgrywce, posiadane jednostki stają się coraz potężniejsze. W grze pojawia się 19 typów jednostek oraz 20 rodzajów uzbrojenia od broni lekkiej służącej do walki wręcz aż po ciężką artylerię taką jak np. wyrzutnia rakiet. Gracz ma możliwość swobodnego poruszania kamerą a dzięki przezroczystym elementom mapy może zobaczyć jednostki ukryte za przeszkodami. Gracz ma do wyboru tryb rozgrywki jednoosobowej kampanii, w którym do wyboru jest 15 misji, bądź tryb rozgrywki wieloosobowej poprzez sieć lokalną lub Internet, w której udział może brać 2 do 8 graczy.