Organizacja Judgment 6 to grupa, skupiająca sześciu finansowych potentatów – firmy, zajmujące się wydobywaniem rudy żelaza. Prawdziwym celem owych korporacji jest jednak opracowanie broni, dzięki której uda im się objąć władzę nad światem. Pierwszą próbą osiągnięcia wyznaczonego zadania było wyprodukowanie Dural. W istocie przedstawia się ona jako programowalny robot, przypominający swym wyglądem człowieka. Jest jednak o wiele silniejsza i sprytniejsza. Ludzkość postanowiła wyłonić osobę, która stawi czoła temu potworowi. Okazją ku temu stał się turniej The World Fighting Tournament, w którym udział bierze 13 wojowników.

Jak nietrudno się domyślić, przychodzi nam się wcielić w jednego z takowych bohaterów. W grze spotykamy oczywiście postaci znane z poprzednich części Virtua Fighter, m.in. Wolfa, Akirę, Pai, Kage'a i Jacky'ego. Wszystkie postacie są ponadprzeciętnie wysportowane i reprezentują odmienne style walki. Ich umiejętności sprawdzamy w takich trybach, jak Arcade, gdzie musimy zwyciężyć kolejno w 14 walkach, by na końcu zmierzyć się z Dural; czy Versus, który pozwala na pojedynek ze znajomym, siedzącym z nami przy jednej konsoli. Możemy ponadto ustawić takie parametry, jak liczba rund, limit czasowy albo ilość energii posiadanej przez zawodników. Z kolei chcąc pastwić się nad wrogami sterowanymi przez CPU, powinniśmy uruchomić opcję Kumite, pozwalającą nam na podreperowanie naszej pozycji w światowym rankingu.

Dla opornych przewidziano natomiast krótki Trening, w którym poznają oni podstawowe ciosy, aby w przyszłości móc stosować bardziej wyrafinowane kombinacje. Gdy z kolei znudzą nam się bitwy na trójwymiarowych arenach (Koloseum, Świątynia itp.), możemy zacząć zmieniać wygląd swojego wojownika, fundując mu nowe ubrania, ozdoby i fryzurę.