Akcja rozgrywa się w tym samym fikcyjnym wszechświecie przyszłości co w pierwszym Unrealu, jednakże tym razem jesteśmy zupełnie nowym bohaterem, ex-żołnierzem Johnem Daltonem, obecnie przedstawicielem prawa (odpowiednikiem szeryfa ze starego dzikiego zachodu), a fabuła rozgrywa się w zupełnie innych miejscach niż to miało miejsce poprzednio. Wszystko zaczyna się gdy patrolujemy przestrzeń w odległym sektorze kosmosu statkiem kosmicznym Atlantis, nawiasem mówiąc przerobionym z jednostki wojskowej. W podróży towarzyszy nam trzyosobowa załoga składająca się z pilota Ne'Ban, inżyniera pokładowego Isaaka oraz kobiety, oficera wywiadu Aida. Wszystko idzie dobrze dopóki nie wybucha międzygwiezdna wojna, w której uczestniczy kilka obcych ras, armie najemników oraz niesława Ziemska Piechota. Nagle znaleźliśmy się w środku konfliktu i musimy wziąć odpowiedzialność za przebywających w tym sektorze kolonistów, archeologów, górników i pozostałych cywili. Dodatkowym zadaniem jest odkrycie źródła konfliktu i zakończenie działań wojennych. Warto dodać, iż w wersji na Xboxa zdecydowano się na skrócenie przerywników pomiędzy właściwymi etapami. Na PC były one w dużym stopniu interaktywne, w opisywanej wersji pełnią one rolę cut-scenek.