Unreal II to sequel do jednej z najlepszych gier akcji wszechczasów, która na stałe zapisała się w historii komputerowej rozrywki. Akcja rozgrywa się w tym samym fikcyjnym wszechświecie przyszłości co w pierwszym Unrealu, jednakże tym razem jesteśmy zupełnie nowym bohaterem, ex-żołnierzem Johnem Daltonem, obecnie przedstawicielem prawa (odpowiednikiem szeryfa ze starego dzikiego zachodu), a fabuła rozgrywa się w zupełnie innych miejscach niż to miało miejsce poprzednio. Wszystko zaczyna się gdy patrolujemy przestrzeń w odległym sektorze kosmosu statkiem kosmicznym Atlantis, nawiasem mówiąc przerobionym z jednostki wojskowej. W podróży towarzyszy nam trzyosobowa załoga składająca się z pilota Ne'Ban, inżyniera pokładowego Isaaka oraz kobiety, oficera wywiadu Aida. Wszystko idzie dobrze dopóki nie wybucha międzygwiezdna wojna, w której uczestniczy kilka obcych ras, armie najemników oraz niesława Ziemska Piechota. Nagle znaleźliśmy się w środku konfliktu i musimy wziąć odpowiedzialność za przebywających w tym sektorze kolonistów, archeologów, górników i pozostałych cywili. Dodatkowym zadaniem jest odkrycie źródła konfliktu i zakończenie działań wojennych.

W grze mamy do wykonania serię trzynastu połączonych fabułą misji, rozgrywających się w dżunglach tropikalnych planet, w starożytnych ruinach miasta obcej cywilizacji, w tunelach wydrążonych głęboko pod ziemią, na niestabilnej powierzchni wulkanicznego świata, w obcych instalacjach przemysłowych, w głębinach oceanicznego świata czy na pokładzie obcego statku kosmicznego. Do dyspozycji dostajemy 15 broni, w tym znane z pierwszej części, tj. wyrzutnia rakiet, karabin szturmowy, snajperka czy wyrzutnik granatów, oraz całkiem nowe, m.in. spowalniająca przeciwników - Leech Gun, wypuszczająca na przeciwnika zabójcze drony - Takkra i tajemnicza broń na energię PSI – MindClaw.

W każdej misji do wykonania są zadania wymagające odmiennego podejścia taktycznego. Wśród różnorodnych zadań możemy spodziewać się takich jak: atak na pozycje wroga z oddziałem towarzyszącym, obrona bazy, uwalnianie zakładników, eskorta ludności cywilnej czy kradzież informacji. Przeciwnikami są zarówno różne obce istoty jak i ludzie czy najemnicy. Łącznie w Unreal II spotkamy się z ponad 24 rodzajami zupełnie nowych wrogów. Po wykonaniu misji wracamy na orbitujący Atlantis, aby dowiedzieć się szczegółów o następnej misji, sprawdzić zdobyte przedmioty i porozmawiać z członkami załogi.