Akcja gry rozpoczyna się w roku 2054, w pół wieku po katastrofie, która uczyniła powierzchnię Ziemi nie nadającą się do mieszkania dla ludzi. Niedobitki rodzaju ludzkiego emigrowały na powierzchnię unoszącej się wyspy, Laputy, lecz i tam dosięgło je przeznaczenie w postaci rewolty przeciw nadmiernie skorumpowanej władzy. Konflikt zakończył się unicestwieniem wyspy i ludzie zostali zmuszeni łaskawym okiem spojrzeć na spustoszoną powierzchnię Niebieskiej Planety, obecnie znajdującej się w rękach obcych. Zadaniem gracza jest więc odbicie swej dziedziny z rąk kosmicznych najeźdźców – sektor po sektorze, państwo po państwie.