Nieoczekiwany splot okoliczności powoduje, iż grupa marynarzy amerykańskich zostaje uwięziona w niemieckiej łodzi podwodnej, w głębi nieprzyjaznych wód, z głównym problemem - jak obsługiwać obcą łódź. Los tych dziewięciu zwykłych ludzi, tak jak i wynik ich misji, będzie ostatecznie zależał od ich braterstwa, instynktu, walki z czasem i umiejętności pokonania własnych lęków.

Porucznik Andrew Tyler jest pierwszym oficerem, zastępcą Dahlgrena. Choć nie otrzymał oczekiwanego awansu na dowódcę własnej łodzi, jego obowiązkowość bierze górę nad urażoną dumą i Tyler wraca na starą łodź. Na łodzi dołączają do niego jego przyjaciele oficerowie porucznik Pete Emmett (Jon Bon Jovi) i Ensign Larson (Matthew Settle). Wśród ludzi zaokrętowanych na S-33 znajdują się Chief Klough (Harvey Keitel), radiotelegrafista Wentz (Jack Noseworth), kucharz Eddie (T.C. Carson), Trigger (Thomas Guiry), Mazzola (Erik Palladino), Tank/ Czołg (Dave Power), Griggs (Derk Cheetwood), i Rabbit/ Królik (Will Estes). Ci zwykli ludzie, niektórzy świeżo po ukończeniu szkoły, rozpoczynają misję bardziej niebezpieczną i przerażającą niż mogli sobie kiedykolwiek wyobrazić. Nie zdają sobie sprawy, że ich zadanie może zmienić losy wojny.

Porucznik komandor Mike Dahlgren (Bill Paxton) jest dowódcą S-33, starej, amerykańskiej łodzi podwodnej jeszcze z czasów I wojny światowej. Pomimo tego, ze łódź jest prymitywna i stale zdarzają się na niej awarie, we właściwych rękach wciąż jest śmiercionośnym narzędziem.

Teraz, gdy Ameryka przyłączyła się do walk w II wojnie światowej, łódź otrzymała jeszcze raz szansę udowodnienia swojej wartości.

Udając Niemców, mają wejść na pokład niemieckiej łodzi podwodnej i zdobyć Enigmę, bezcenną, ściśle tajną maszynę kodującą, której rozszyfrowanie pomoże aliantom zatrzymać nieustające ataki hitlerowskich wilczych stad na morzu. Misja musi być wykonana w całkowitej tajemnicy, ponieważ zdobycie Enigmy bez wiedzy wroga jest jedynym sposobem w jaki wywiad aliantów może odszyfrować ruchy Niemców i położyć koniec wielkim stratom zadawanym konwojom transportującym zaopatrzenie przez ocean. Jeśli wszystko pójdzie zgodnie z planem, niemiecka łódź podwodna zostanie zniszczona, jeńcy zabrani do Stanów, a wróg nigdy nie dowie się o ich tajnej zdobyczy.

Z rozkazu Admirała, porucznik Hirsch (Jake Weber) obejmuje dowództwo nad S-33 razem z majorem marynarki Coonan�em (David Keith). Ich bagaż jest wielkim ładunkiem pak o nieznanej zawartości... zawartości, która nie może być ujawniona, dopóki łódź nie opuści wód terytorialnych Ameryki. Gdy S-33 jest na pełnym morzu, misja zostaje wyjawiona. Jak koń trojański z greckiej mitologii, ich okręt zostaje zamaskowany by udawać U-boat, , jedną z nazistowskich łodzi podwodnych, które sieją postrach w głębinach Północnego Atlantyku.