W Tropico 2: Zatoka Piratów mamy okazję zostać prawdziwym władcą mórz południowych z okresu XVII wieku. W przeciwieństwie do pierwszej części gry, gdzie jako totalitarny władca gospodarowaliśmy zasobami małej wyspy, teraz jako król piratów zarządzamy bazą wypadową, ukrytą na jednej z wysp archipelagu. Gra oparta jest o ten sam silnik graficzny, który wykorzystano w oryginalnym Tropico, jednakże poddano go wielu udoskonaleniom i modyfikacjom. Natomiast ekonomia rozgrywki odwróciła się o 180 stopni. O ile w Tropico mogliśmy sprzedać to co wyprodukowaliśmy na swojej wyspie, to w Zatoce Piratów zabieramy i wykorzystujemy dobra zrabowane innym – głównie chodzi tu o statki kupieckie. Porywamy również zakładników, których możemy wykorzystać jako siłę roboczą lub zażądać wysokiego okupu od rodziny.

Nasze zadanie jako przywódcy piratów polega na zapewnieniu swoim kamratom wszystkich rzeczy i surowców niezbędnych do utrzymania ich w stanie „zadowolonym”, tj. wina, kobiet, żywności, złota oraz gier hazardowych. W razie innego obrotu rzeczy, przywódcę bandy piratów czeka bardzo nieprzyjemny koniec... Za pieniądze uzyskane z rabunków budujemy więc nowe tawerny, domy hazardowe oraz farmy, czy nawet ośrodki przemysłowe, w których powstanie nowy oręż, działa okrętowe czy całe okręty.

Postacie piratów mają swoje charakterystyki, które możemy szlifować podczas gry i szkolić ich w przeróżnych specjalizacjach przydatnych podczas walk morskich. Powodzenie w grze zależy głównie od właściwego zarządzania populacją piratów, którzy w dodatku muszą być jak najlepiej wyposażeni przed wyruszeniem na niebezpieczne misje. Niepoślednią rolę odgrywa też ich wygląd – pirat z papugą na ramieniu, w czarnym kapeluszu z trupią czaszką sieje prawdziwą grozę wśród wrogów.