Transformes: Wojna o Cybertron przenosi graczy do czasów konfliktu między Autobotami a Deceptikonami, który miał miejsce jeszcze przed wydarzeniami na Ziemi, a więc tymi znanymi z filmów Transformers i Transformers: Revenge of the Fallen. Produkcja studia High Moon nie jest powiązana w żaden sposób z kolejnymi kinowymi adaptacjami popularnej sagi o konflikcie pomiędzy robotami, a fabuła stanowi wstęp do wydarzeń znanych z poprzednich gier opowiadających o Transformersach.

Akcja gry rozgrywa się na w pełni mechanicznej, rodzimej planecie robotów, Cybertronie, od milionów lat ogarniętej wyniszczającą wojną między Autobotami i Deceptikonami. Biorąc udział w kolejnych misjach, gracz wciela się w znane z komiksów czy filmów postacie Transformersów.

W grze dostępne są dwie kampanie, które można rozegrać w dowolnej kolejności. Pierwsza oferuje możliwość wcielenia się w Deceptikony, próbujące zdobyć tzw. czarny energon, który pozwoli ich władcy - Megatronowi, ostatecznie wygrać wojnę i zdobyć nieograniczoną władzę.

W drugiej części wcielamy się w Autoboty i dążymy do powstrzymania swoich odwiecznych rywali. Oprócz kampanii, którą można rozegrać samemu lub wespół z dwoma żywymi graczami, w grze jest również dostępny tryb Eskalacji (eliminowanie kolejnych fal nacierających na nas rywali) oraz sześć trybów multiplayer (Deathmatch, Team Deathmatch, Podbój, Kodeks Mocy, Odliczanie do unicestwienia oraz Walka o wpływy). W zabawie sieciowej zdobywamy punkty doświadczenia, które możemy następnie inwestować w rozwój dodatkowych zdolności.

Dodatkowo każdy z robotów posiada umiejętność przemiany w charakterystyczną dla niego maszynę, przykładowo Megatron może zmienić się w pojazd bojowy, a Starscream w samolot.