Początek współczesnemu miastu dali Krzyżacy w 1230, dla których był on punktem wyjścia do podboju plemion pruskich i tworzenie państwa krzyżackiego. Pierwszą wzmiankę historyczną o Toruniu zawiera dokument lokacyjny z 28 grudnia 1233 roku wystawiony przez Hermana von Salza, mistrza krzyżackiego. Z powodu częstych powodzi nawiedzających te nisko położone tereny w roku 1236 przeniesiono miasto w górę rzeki w miejsce jego obecnego położenia. Nowe terytorium miasta określa odnowiony przywilej chełmiński z 1251 roku, który został wystawiony w miejsce starego, zniszczonego w pożarze. 13 sierpnia 1264 nadano prawa miejskie drugiej osadzie – Nowemu Miastu, od wschodu stykającemu się ze Starym Miastem. W 1454 r. oba miasta połączono, zachowując jednak dzielące je mury obronne.

W 1280 r. Toruń stał się członkiem Hanzy. XIV-XV wiek to pierwszy okres szybkiego rozwoju miasta. Toruń stał się dużym ośrodkiem handlowym w Prusach, liczącym aż 20 000 mieszkańców.