Fabuła omawianej gry stanowi reminiscencję historii, zaprezentowanej w pierwszej części. Protagonistka zostaje wynajęta przez potężną organizację, która zleca jej odnalezienie mistycznego artefaktu, spoczywającego w niezbadanym grobowcu Qualopeca. Już na samym początku wyprawy wszystko zaczyna się komplikować (m.in. ginie przewodnik), a Lara uświadamia sobie, że została wykorzystana i bierze udział w wielkiej intrydze. Postanawia rozstać się ze swoimi zleceniodawcami i na własną rękę rozwiązać zagadkę.