Akcję trzeciej części „Splinter Cell” osadzono w niedalekiej przyszłości. Mamy rok 2008. W Japonii zostaje utworzona specjalna organizacja informacyjna. Nie podoba się to wielu okolicznym państwom. Szef nowo powstałej organizacji wykorzystuje swoją pozycję do zaostrzenia kontaktów na linii Korea Północna-Japonia. Wybucha konflikt. Do akcji wkraczają Stany Zjednoczone, które go jednak tylko zaostrzają. Korea Północna przygotowuje się do ataku na swojego południowego sąsiada. W tym właśnie momencie do akcji wkracza Sam Fisher. Znaczącą rolę w trakcie gry odgrywają trzy postaci: japoński admirał, pewien tajemniczy haker oraz szef paramilitarnej organizacji informacyjnej. Pogodzenie ich interesów pozwoli zatrzymać eskalację działań wojennych.

Trzecia część „Splinter Cell” zachowuje widok TPP. Główny bohater obserwowany jest więc z perspektywy trzeciej osoby. Z istotnych innowacji warto wymienić cały szereg nowych ciosów, z których można skorzystać. Pojawiają się zupełnie nowe techniki walki nożem, oprócz tego dodano kilka nowych chwytów. Większość z nich pozwala w łatwy i szybki sposób pozbywać się niewygodnych przeciwników. Sam Fisher może również skuteczniej chować się przed wzrokiem strażników wykorzystując poszerzoną gamę ruchów. Do jego dyspozycji oddano nowe typy gadżetów i broni (przeważnie eksperymentalnych).

Licznych ulepszeń doczekała się oprawa wizualna produktu. Na szczególną uwagę zasługuje rozbudowany silnik odpowiedzialny za fizykę świata gry. Ulepszenia objęły efekt szmacianej lalki (ragdoll), efekty cząsteczkowe oraz interakcję z otoczeniem. Udoskonalono moduły SI przeciwników. Każdy z nich zachowuje się w charakterystyczny dla siebie sposób, na który wpływ ma między innymi profesja danej postaci. NPC-e pamiętają również poprzednie poczynania gracza.

Misje, który przyjdzie graczowi wykonywać mają teraz nieliniowy przebieg. Do danego celu można dotrzeć na wiele różnych sposobów. Pojawiają się również opcjonalne questy, które można wykonać, ale nie jest to obowiązkowe. Istotne jest natomiast to, że misje można kończyć w parze z innym graczem (cooperative). Zachowano również wszystkie sieciowe tryby z drugiej części gry.