W edycji dla platformy Microsoft Xbox i komputerów PC akcja gry toczy się w 2011 roku. Jej fabuła stanowi kontynuację wydarzeń z 2007 roku, które zostały przedstawione w drugiej wersji gry wydanej dla konsol Sony PlayStation 2 i Nintendo GameCube. Obie prezentują tylko część głównej historii, zawierają inne misje, poziomy i przerywniki filmowe.
Przez lata komunistycznych rządów sytuacja w Korei Północnej ulegała pogorszeniu. Gospodarka kraju z czasem znalazła się na skraju katastrofy. Z czasem państwo postanowiło otworzyć się na pomoc ze strony organizacji humanitarnych. Generał Jung od jakiegoś czasu przejmuje dostawy żywności na potrzeby swojej armii. Z czasem podległe mu oddziały zwiększają się liczebnie i przybierają na znaczeniu. Chiny obserwując wzrost potęgi generała zaprzestają dostaw broni do Korei Północnej. W tym samym czasie Jung zdobywa pełną władzę nad siłami zbrojnymi państwa i zawiera cichy pakt z Rosją. Następnie obwiniając Chiny za szerzący się głód postanawia zaatakować. Wojna wybucha jednak bez użycia broni nuklearnej. Licząc się z możliwą reakcją władz rosyjskich Chiny pozwalają na włączenie się do konfliktu państw zachodnich. Za linę wroga zostaje przerzucony Oddział Widmo, który ma doprowadzić do upadku generała Junga i zapobiec rozszerzaniu się konfliktu.
Podczas rozgrywki gracz obejmuje dowództwo nad elitarnym oddziałem Ghost Recon. Wchodzący w jego skład żołnierze mają do swojej dyspozycji nowoczesne bronie i gadżety wykorzystujące często eksperymentalne technologie. Z ich pomocą mamy zdecydowanie większe szanse na efektowną walkę z przeważającym liczebnie wrogiem. Wykonanie każdej misji zależy od tego jak sprawnie koordynujemy działania podległych nam członków zespołu. Twórcy gry w tym celu usprawnili system wydawania komend głosowych i interfejs użytkownika. Ponadto nasi żołnierze różnią się zarówno wyglądem, osobowością i umiejętnościami. Wszystkie sterowane przez komputer postacie zostały obdarzone nowym systemem sztucznej inteligencji, dzięki któremu posługują się bardziej zróżnicowanymi taktykami niż w poprzednich grach z serii.
Silnik graficzny Tom Clancy's Ghost Recon 2 wykorzystuje nowoczesne technologie, które pozwoliły na przedstawienie dynamicznego oświetlenia oraz multiteksturowania. Do prezentacji efektu ragdoll, animacji postaci i pojazdów oraz fizyki świata gry wykorzystano odrębny system Havok. W stosunku do poprzednich edycji wprowadzono też nowy typ kamery. Została ona umieszczona nad ramieniem sterowanej przez nas postaci i pozwala na obserwowanie jej reakcji na zmiany w najbliższym otoczeniu.
W trybie wieloosobowym w wersji dla konsoli Microsoft Xbox gra pozwala na rozgrywki od 2 do 4 graczy jednocześnie na podzielonym ekranie. Możliwa jest także zabawa dla maksymalnie 16 graczy przy wykorzystaniu systemu link-kable lub z użytkownikami z całego świata przy wykorzystaniu technologii Xbox Live!. Dzięki trzeciej edycji systemu Xbox Live! gracze mogą tworzyć globalne turnieje i rankingi zawodników oraz formować klany graczy. Tom Clancy's Ghost Recon 2 zawiera wiele nowych typów rozgrywek opartych zarówno na rywalizacji jak i współpracy ze sobą uczestników zabawy.
