„Splinter Cell: Chaos Theory” to już trzecia odsłona bestsellerowej serii bazującej na pomysłach rodem z książek autorstwa Toma Clancyego. Ponownie gracze wcielają się w postać Sama Fishera - specjalistę z „grupy cieni” wchodzącej w skład tajnej agencji NSA (National Security Agency), która jest wysyłana tylko do najbardziej zagadkowych zadań związanych z polityką Stanów Zjednoczonych. Akcja gry nadal jest przedstawiona z perspektywy trzeciej osoby.

Akcja toczy się w 2008 roku. Świat obiegają wieści o bardzo dziwnych wydarzeniach. Gigantyczne awarie sieci energetycznej, sabotaż na giełdach papierów wartościowych oraz włamania do międzynarodowych systemów obronnych. Narasta niepewność, a polityka państw staje się coraz mniej stabilna. Japonia tworzy specjalną siatkę szpiegowską. Okoliczne państwa nie kryją oburzenia. Narastają spory. Stany Zjednoczone chcą uregulować napięcie, ale niefortunnie pogarszają sytuację. Komunistyczna Korea Północna chce wykorzystać sytuację, aby wyeliminować swoich oponentów na południu. Coraz częściej wspomina o przygotowaniach do wojny...