Gra jest platformową zręcznościówką, przeplataną od czasu do czasu wyzwaniami wymagającymi logicznego pomyślunku. Twórcy przygotowali trzy epizody mające udawać odcinki serialu Nickelodeon, które łączą się ze sobą w spójną historię. Naszym głównym zadaniem jest powstrzymanie złowieszczego Dr Blowhole’a - delfina opętanego planami dominacji nad światem. Podczas rozgrywki przejmujemy kontrolę nad doskonale znanym z filmowego pierwowzoru oddziałem wojowniczych pingwinów i wyruszymy powstrzymać nadciągające zagrożenie. Na naszej drodze odwiedzimy kilka znajomych lokacji i spotkamy wielu starych znajomych, wśród których znajdziemy między innymi Króla Juliana i Mauricego.

Kluczem do sukcesu operacji jest umiejętne wykorzystanie zróżnicowanych umiejętności naszej drużyny. Skipper specjalizuje się w strategicznym myśleniu, Kowalski potrafi stworzyć wiele przydatnych wynalazków, Rico odpowiada za ładunki wybuchowe, a Szeregowy może poszczycić się wybitnymi zdolnościami manewru. Do najczęstszych zadań naszej ekipy należy między innymi odbijanie przyjaciół i pokonywanie najeżonych przeszkodami lokacji. Regularne poziomy przeplatane są pomysłowymi minigrami, jak Julien’s Dance Party” czy „Mort Bowling”.

W wersji na Xboksa 360The Penguins of Madagascar: Dr. Blowhole Returns - Again!oferuje możliwość skorzystania z usługi Kinect. Oprawa tytułu przygotowana została z myślą o najmłodszych odbiorcach gry - stąd ciepła paleta barw i czytelność grafiki.