The Binding of Isaac to strzelanka roguelike, w której przemierzamy generowane losowo podziemia. Ich struktura przypomina lokacje pojawiające się w grze The Legend of Zelda. Z kolei zastosowane tu sterowanie opiera się na rozwiązaniach znanych z takich produkcji jak Robotron czy Smash TV.

W przeciwieństwie do większości gier z elementami RPG, w The Binding of Isaac nie występuje standardowy model zdobywania kolejnych poziomów doświadczenia. W trakcie wędrówki gracz znajduje szereg przedmiotów, które poprawiają jego umiejętności oraz pomagają w rozwiązywaniu klasycznych zagadek. Każdy etap zawiera sklep, pomieszczenia z ukrytymi skarbami, potężnego bossa oraz inne sekretne lokacje, pełne unikatowych przedmiotów. Wśród nich możemy wyróżnić specjalne wzmocnienia broni czy artefakty, które na stałe zapewniają nam dodatkowe bonusy. Większość z występującego w grze ekwipunku da się ze sobą łączyć, więc wraz z postępem fabuły stajemy się coraz potężniejsi, a także zmienia się wygląd postaci.