Tajemnica Kryształowego Portalu 2 to przygodówka typu hidden object, czyli taka, w której najwięcej czasu spędzamy na starannym przeszukiwaniu kolejnych lokacji z zamiarem odnajdywania interaktywnych przedmiotów, sprytnie poukrywanych w otoczeniu.

W grze wcielamy się w postać młodej kobiety o imieniu Nicole, której ojciec znika nagle w niewyjaśnionych okolicznościach. Główna bohaterka postanawia zbadać rodzinną posiadłość i dokonuje zaskakującego odkrycia. Okazuje się, że w piwnicy znajduje się tytułowy portal, dzięki któremu możliwe jest podróżowanie do zupełnie innego świata. Nicole postanawia skorzystać z portalu, licząc na to, że przenosząc się w nowe miejsce będzie mogła odnaleźć swojego ojca.

Właściwa rozgrywka opiera się na starannym przeglądaniu kolejnych plansz w poszukiwaniu dobrze poukrywanych przedmiotów. Nie oznacza to jednak, że zabrakło innych elementów charakterystycznych dla przygodówek, albowiem zajmujemy się też między innymi rozmową z napotykanymi postaciami niezależnymi oraz rozwiązywaniem mniej lub bardziej skomplikowanych zagadek logicznych.

Na uwagę zasługuje spore zróżnicowanie odwiedzanych przez Nicole lokacji, albowiem są to zarówno miejsca istniejące w rzeczywistości (np. Nowy Jork), jak i cechujące się nietypowym wystrojem obszary ze świata po drugiej stronie portalu.