W średniowieczu berberys stosowano u chorych na żółtaczkę i malarię, a w XVII w. w Anglii u osób zmagających się ze schorzeniami wątroby. Z kolei w Polsce lekarze medycyny ludowej wykorzystywali owoce berberysu, aby zapobiegać rozwoju szkorbutu, a odwary z jego kory i korzeni stosowano przy kolkach wątrobowych. Obecnie w krajach tropikalnych berberys podawany jest w przypadku cholery i malarii. Owoce berberysu zawierają alkaloidy, kwasy organiczne, cukry, pektyny, garbniki, sole mineralne i witaminy, w tym najwięcej witaminy C (80 mg w 100 g). Z tego względu nazywany jest "polską cytryną" lub "cytryną Północy". W medycynie ludowej odwary z owoców berberysu stosuje się w przeziębieniach i chorobach gorączkowych. By podnieść odporność organizmu, do herbaty dodaje się suszone owoce berberysu. Z kolei wyciągi z kory i korzeni tej rośliny stosuje się przy zakażeniach bakteryjnych, gdyż, dzięki zawartości berberyny (alkaloidu izochinolinowego, który działa antybakteryjne), wykazują właściwości antybiotyczne.

Berberysu nie można spożywać przez dłuższy czas, ponieważ zawarta w nim berberyna odkłada się w sercu, wątrobie i trzustce.