Super Paper Mario to kolejna hybryda platformówki i elementów gatunku cRPG, przedstawiająca perypetie najbardziej znanego elektroniczno-rozrywkowego hydraulika. Stanowi ona swoistą kontynuację przygód z Nintendo 64 i GameCube. Początkowo niniejszy tytuł zapowiedziany został dla tej ostatniej konsoli, aczkolwiek prace przeniesiono do świata Wii. Developerzy ponownie połączyli rozgrywkę dwuwymiarową i przestrzenną (do tego środowiska wkraczamy chociażby w celu odnalezienia ścieżki czy ominięcia przeciwników). Co więcej, wizerunki bohaterów zostały wystylizowane na papierowe wycinanki.

Wszystko zaczyna się w pewne leniwe popołudnie – Mario i Luigi wypoczywają, gdy niespodziewanie dowiadują się o zniknięciu Księżniczki Brzoskwinki. Bez zastanowienia kierują się do zamku Bowsera, lecz nowina zaskakuje go tak samo, jak braci. Nagle ni stąd, ni zowąd pojawia się dziwny nieznajomy w cylindrze, który uprowadza wszystkich z wyjątkiem tytułowego bohatera. Ku wielkiemu zaskoczeniu, tajemniczy jegomość pragnie doprowadzić do ślubu przyjaciółki hydraulików z ich odwiecznym wrogiem. Ma to pozwolić na stworzenie niewyobrażalnie potężnych sił zła. Jak to w takich historiach bywa, jedynie Mario jest w stanie uwolnić porwanych i ocalić świat przed zagładą.

Zabawa składa się z ośmiu rozbudowanych leveli, mieszczących się w oddzielnych wirtualnych wymiarach. W momencie, gdy protagonista odnajduje uprowadzonych, użytkownik automatycznie otrzymuje kontrolę nad Księżniczką i jej niedoszłym mężem. Przełączanie pomiędzy trzema postaciami zdecydowanie ułatwia ucieczkę przed szaleńcem, gdyż każda z nich posiada unikalne zdolności. Brzoskwinka potrafi skakać wyżej niż towarzyszący jej panowie, natomiast Bowser dysponuje potężną bronią (zianie ogniem).

Rozgrywka swoim stylem przypomina nieco Super Mario Bros. Bohaterowie (poza chwilami spędzonymi w przestrzennym środowisku) przemieszczają się jedynie w lewą bądź prawą stronę. W tym celu wymagane jest odchylenie w odpowiednim kierunku Wii-pilota połączonego z Nunchukiem. Ponadto kontrolerem wykonywać należy szereg innych czynności – potrząsanie nim spowoduje uderzenie pięścią w miejsca ukrycia power-upów i gadżetów zasilających konto punktów.

Nieodłączny element cyklu o dzielnym hydrauliku stanowi zbieranie przeróżnych elementów. Niniejsza pozycja nie wyłamuje się z tego zwyczaju, jednak wprowadza delikatne zmiany. Tym razem muchomorki nie odpowiadają za wzrost protagonisty (funkcję tę przejęły gwiazdki), lecz podnoszą jego wskaźnik energii. Czerwone kwiaty powodują, że biega się szybciej