Z nadejściem chrześcijaństwa i islamu wierzenia starożytnych Egipcjan oficjalnie zostały zastąpione nową religią. Jednak dawne, głęboko zakorzenione rytuały i obyczaje nadal były żywo obecne nad Nilem. Często wpływały na nową religię. Obrzędy pogańskie przechodziły na grunt chrześcijański czy muzułmański, stając się częścią miejscowej, ludowej religijności. Starożytnych egipskich zaklęć używano jeszcze w średniowieczu. Również w religii Koptów oraz tzw. ludowym islamie znajdujemy wiele pozostałości dawnych wierzeń, formalnie sprzecznych z regułami największych monoteistycznych religii. Niektóre zwyczaje z czasów faraonów przetrwały w mniej lub bardziej zachowanej formie nawet do dziś. Choć często nie zdajemy sobie z tego sprawy, symbole i rytuały wywodzące się ze starożytnych egipskich wierzeń towarzyszą nam również współcześnie.