Potomkowie Ziemskich skazańców, wysłanych w kosmos w ramach eksperymentu, po awarii i podróży na skraj kosmosu pozostawieni są sami sobie. Po latach walk i burzliwych wydarzeń wyłania się Konfederacja, która silną ręką kontroluje cały sektor. Chwilę spokoju przerywa wzmożona aktywność nowopowstałej grupy rebelianckiej. Dodatkowo graniczna planeta układu zostaje zaatakowana i kompletnie zniszczona przez tajemniczych przybyszów, nazywających się Protossami. Jakby tego było mało, na arenie wydarzeń pojawia się też rasa Zergów, która infekuje i niczym szarańcza pożera życie na kolejnych planetach. Galaktyczna wojna jest nieunikniona.

Brood War rozgrywa się tuż po wydarzeniach opisanych w bazowej grze. Po zniszczeniu Overminda Zergowie oszaleli, ale wciąż stanowią poważne zagrożenie dla mieszkańców planety Aiur. Ocalali Protossi, wspierani przez garstkę Terran dowodzonych przez kapitana Jima Raynora, muszą szukać schronienia na Shakuras, gdzie niegdyś wygnani zostali Mroczni Templariusze (Dark Templars). Nie są tam jednak miłymi gośćmi, tym bardziej że w ślad za uchodźcami przybywają Zergi. Jakby tego było mało, Dominium Terran zostaje zaatakowane przez siły UED - Zjednoczonego Dyrektoriatu Ziemi. Centralną postacią dodatku, wokół której koncentruje się większość wątków fabularnych, jest Sarah Kerrigan. Po zainfekowaniu DNA Zergów stała się ona najpotężniejszym tworem Nadświadomości - Królową Ostrzy i mimo że kontrolujący ją Overmind został zniszczony, nikt nie wie, jakie są jej prawdziwe zamiary.