Potomkowie Ziemskich skazańców, wysłanych w kosmos w ramach eksperymentu, po awarii i podróży na skraj kosmosu pozostawieni są sami sobie. Po latach walk i burzliwych wydarzeń wyłania się Konfederacja, która silną ręką kontroluje cały sektor. Chwilę spokoju przerywa wzmożona aktywność nowopowstałej grupy rebelianckiej. Dodatkowo graniczna planeta układu zostaje zaatakowana i kompletnie zniszczona przez tajemniczych przybyszów, nazywających się Protossami. Jakby tego było mało, na arenie wydarzeń pojawia się też rasa Zergów, która infekuje i niczym szarańcza pożera życie na kolejnych planetach. Galaktyczna wojna jest nieunikniona.

Gracz może kontrolować jedną z trzech ras, wybierając między Terranami, tajemniczymi Protosami i odrażającymi Zergami. Każda z nich ma unikatowe jednostki, technologie i umiejętności. Jako przywódca musisz połączyć ekonomię i strategię z taktycznym i błyskotliwym zarządzaniem oddziałami na polu bitwy.