Fabuła opisywanej strzelanki nie nawiązuje w bezpośredni sposób do żadnego z odcinków wspomnianego wcześniej serialu. Na potrzeby tej produkcji przygotowano zupełnie oddzielny wątek. W trakcie zabawy można jednak spostrzec liczne odniesienia do postaci czy wydarzeń, o których była mowa w telewizyjnej produkcji. USS Voyager odpowiada na sygnał SOS wysłany ze statku niewiadomego pochodzenia. Po dotarciu na miejsce okazuje się jednak, iż okręt jest uzbrojony, aktywny i, co najważniejsze, wrogo nastawiony. Jedna z eksplozji przenosi USS Voyagera w nieznane miejsce we wszechświecie. Przeprowadzone badania wykazują, iż źródłem tajemniczej siły jest baza zwana Kuźnią („The Forge”), zamieszkana przez osobników nazywanych „Żniwiarzami”. Do życia powołany zostaje oddział specjalny o nazwie Hazard Team. Gracz wciela się w postać dowódcy tej ekipy – pułkownika Munro.