S.T.A.L.K.E.R.: Czyste Niebo to prequel - a więc część rozgrywająca się bezpośrednio przed wydarzeniami znanymi z Cienia Czarnobylu. Mamy rok 2011, jeden rok przed wydarzeniami znanymi z pierwszej części gry. Grupa stalkerów, przemytników ze skażonej strefy, dociera do serca Zony - elektrowni atomowej. Wkrótce po tym wybuch niezwykłej energii zmienia Zonę na zawsze. Zniknęły całe połacie terenów, aby na ich miejscu mogły się pojawić obszary nie odnotowane na żadnej mapie. Pojawiły się dziwne istoty, przez które nie można już spokojnie spać nawet w dawno ulokowanych kryjówkach. Zona ożyła nową niezwykłą siłą, której aktywności nikt nie może przewidzieć... W takich okolicznościach do gry wkracza bohater: niestabilne anomalie, mutanty i uzbrojeni przeciwnicy stanowią śmiertelne niebezpieczeństwo na każdym kroku. Zanik dawno wytyczonych szlaków i granic narusza i tak już kruchy pakt między frakcjami stalkerów. Tylko od gracza zależy po czyjej stanie stronie i jak dojdzie do wydarzeń, które stanowią podstawę dla wydarzeń znanych z Cienia Czarnobylu.