Prequel gry "S.T.A.L.K.E.R.: Cień Czarnobyla". Akcja rozgrywa się na rok przed wydarzeniami opowiedzianymi w pierwszej części serii. Ponownie udajemy się do Zony, wykonując zadania i przystępując do różnorakich frakcji.

Clear Sky jest drugim produktem z tytułowej serii S.T.A.L.K.E.R., przy czym mamy tu do czynienia z prequelem, co oznacza, że wydarzenia rozgrywają się przed historią opowiedzianą w pierwszej odsłonie cyklu. W dalszym ciągu zajmujemy się przemierzaniem niebezpiecznej Zony, czyli terytorium zlokalizowanego wokół słynnej czarnobylskiej elektrowni jądrowej. W trakcie gry wykonujemy zlecane przez NPC-ów questy, pokonujemy przeciwników, jak również wynajdujemy cenne artefakty, które następnie używamy lub wystawiamy na sprzedaż.

Akcja Clear Sky rozgrywa się w 2011 roku, a w centrum zainteresowania znajduje się najemnik Szrama. Główny bohater podczas eskortowania grupy naukowców jest świadkiem potężnej emisji, która zabija towarzyszące mu postaci, a jego samego pozbawia przytomności. Właściwa rozgrywka rozpoczyna się w obozowisku Czystego Nieba, organizacji, której zależy na bliższym poznaniu Zony. Szrama dowiaduje się, że coraz częste emisje są swego rodzaju mechanizmem obronnym oraz że musi przyczynić się do odnalezienia osób, które są odpowiedzialne za takich stan rzeczy. Mowa tu między innymi o bohaterze pierwszej części, Strieloku, którego pojmanie stanowi jedno z ważniejszych zadań.