Akcja dzieje się w niedalekiej przyszłości, dokładnie w 2006 roku. Głównym zadaniem Fisher’a jest dotarcie do człowieka ukrywającego tajne informacje dotyczące działań militarnych niemal na całym świecie. Do tego dochodzi jeszcze monstrualna broń biologiczna i banda niewyżytych psycholi siejących spustoszenie.

Zmiany w stosunku do części pierwszej, dotyczące rozgrywki, to między innymi nowy sposób rozbrajania ładunków wybuchowych, oraz innych pułapek, a także poszerzony garnitur ruchów Sama Fishera. Ogromnym plusem jest również opcja Multiplayer, w której bierze udział do czterech graczy jednocześnie. Ten tryb prezentuje się tak, że czterech graczy tworzy drużyny broniące odpowiednich poziomów - grający wcielają się w najemników, bądź szpiegów. Każda z drużyn posiada specjalne zdolności oraz uzbrojenie – dostosowane specjalnie do narzuconego im zadania – ale nie tylko! Najemnicy i szpiedzy różnią się strojami oraz posiadanymi akcesoriami, np. szpiedzy mają do dyspozycji noktowizory, natomiast najemnicy bawią się wizją wykrywającą wszelkie ruchy napotkane na drodze.

Mamy do dyspozycji większe pole manewru! Lokacje są bardziej rozgałęzione, dzięki czemu zabawa w skradanie się w trybie dla samotnego gracza jest dłuższa niż to miało miejsce w pierwszej części.