Odejście od fabuły kinowych obrazów dało programistom okazję do wykreowania alternatywnej historii, zgodnie z którą nowojorski Manhattan opanowały groźne symbionty, wirusy zmieniające ludzi i ich otoczenie. W mgnieniu oka mieszkańcy miasta zostali zainfekowani tajemniczą substancją, drapacze chmur pokryły się czarną powłoką, a na miejskie ulice wyszła cała menażeria niebezpiecznych istot. W tej sytuacji o pomoc poproszono Spider-Mana, który po raz kolejny stanął przed zadaniem uratowania Nowego Jorku przed zagładą. W swojej misji superbohater może liczyć na wsparcie ze strony obywatelskiej organizacji S.H.I.E.L.D, która ciągle szuka nowych dróg ewakuacji z zatrutej metropolii. Prócz tego pomocy Spider-Manowi mogą udzielić jego dawni znajomi – zarówno ci dobrzy, jak i źli, a to, w jakim stopniu ich obecność okazuje się przydatna, zależy od wyborów dokonywanych przez gracza w toku fabuły.