Minęły dwa lata o czasu, kiedy spokojny chłopak o łagodnym usposobieniu, Peter Parker (Tobey Maguire), odszedł od swojej ukochanej, z którą związany był od wielu lat – Mary Jane Watson (Kirsten Dunst). Wtedy to właśnie podjął decyzję, że życie jego będzie podporządkowane nie uczuciom lecz odpowiedzialności za ludzkość, na której rzecz będzie działał jako Spider-Man. W drugiej części filmu przed Peterem stają nowe wyzwania, musi bowiem zmierzyć się z potężnym Doktorem Octopusem znanym również jako Doc Ock (Alfred Molina).