W trybie kampanii wcielamy się w postać Petera Mauera, elitarnego niemieckiego snajpera zrekrutowanego przez amerykańską agencję OSS (protoplasta CIA). W grze bierzemy udział w kilkunastu niebezpiecznych misjach o otwartej strukturze, w których przeciwstawiamy się agentom sowieckiej agencji SMERSH i niedobitkom z Armii III Rzeszy. Jednym z głównych celów rozgrywki jest niedopuszczenie Rosjan do przejęcia tajnych projektów niemieckich inżynierów i uczonych. Sniper Elite w wersji na Wii został dodatkowo rozbudowany o kilka nowych misji, a także sposobów prowadzenia walki z przeciwnikami.

Zmagania w całości umiejscowione zostały na terenie zdewastowanego Berlina, pełnego gruzów i ruin. W czasie wykonywania powierzanych zadań korzysta się głównie z kilku typów karabinów snajperskich, wyciszonego pistoletu, granatów i noża, niekiedy wykorzystuje również karabiny maszynowe, bomby lub panzerfaust. Oczywiście podstawą jest skradanie się, ukrywanie się za przeszkodami oraz „cicha” eliminacja wrogów.

Najwięcej pracy twórcy włożyli w opracowanie systemu odpowiedzialnego za akcje snajperskie. Mechanika rozgrywki wymusza bowiem na graczu nieustanne branie pod uwagę takich elementów, jak grawitacja, różnicę wysokości, odległość, prędkość i kierunek wiatru, tempo bicia serca, kontrolę oddechu, pozycję snajpera, a także warunki panujące w najbliższej okolicy. Z tego też powodu każdy strzał wymaga od osoby dzierżącej Wiimote’a długiego planowania oraz obmyślenia jak najlepszej strategii.