Jedną z głównych innowacji wprowadzonych w tej części cyklu jest w pełni interaktywne wnętrze okrętu podwodnego. Sterowanie przypomina to znane z FPS-ów. Klawisze WSAD służą do poruszania się, a myszka do rozglądania i klikania na odpowiednie elementy wnętrza. Z użyciem tego zestawu wykonujemy zdecydowaną większość czynności. By skorzystać z urządzeń, musimy najpierw do nich podejść, a torpedy odpalamy, wyłącznie patrząc przez peryskop. Również do działek pokładowych trzeba dojść na własnych nogach. Rezultat jest taki, że nie wszystko da się zrobić własnoręcznie. Często również nie ma nas w miejscu, gdzie dzieje się coś ważnego. To, w połączeniu z wyraźnie odchudzonym systemem skrótów klawiszowych, powoduje, że – by mieć jakiekolwiek szanse na sukces – musimy nauczyć się ufać podwładnym. Tryb FPP rozciąga się zresztą także na wizyty w portach, gdzie możemy sobie pogawędzić z bohaterami niezależnymi i w ten sposób uzupełnić uzbrojenie czy paliwo oraz pozyskać nowe misje do wypełnienia.

Nowinką jest również system morale załogi. Każde nasze polecenie powoduje jego nieznaczny spadek, więc aby okręt pozostawał w pełni sprawny musimy uzupełniać morale poprzez skuteczne ataki torpedowe, czy pozytywne wypełnianie celów misji. Ponadto gra oferuje mechanizm rozwoju załogi. Po każdym zadaniu otrzymujemy pewną pulę punków doświadczenia i umiejętności, które możemy rozdzielić pomiędzy podkomendnych, co w efekcie wpływa m.in. na szybsze wypełnianie rozkazów, lepszą pracę silnika diesla, celność torped itp. Dodatkowo Każdy z członków załogi jest prawdziwą osobą: ma swoje imię, biografię, umiejętności i charakter. Młodzikowi dokuczają starsi koledzy, a kucharzowi ktoś poprzecinał struny w skrzypcach itp. Z każdą z postaci możemy pogawędzić. W ten sposób nie tylko wydajemy rozkazy, ale również dowiadujemy się wielu ciekawych rzeczy o naszych rozmówcach. Jeśli okażemy zainteresowanie ich potrzebami, ich morale wzrośnie. Wraz z przebiegiem gry podlegli nam ludzie zyskują nowe umiejętność i doskonalą stare.

Wprowadzono także systemem zdobywania punktów doświadczenia, których używamy do usprawnienia naszego statku.

Twórcy poprawili oprawę graficzną, opracowali nowy interfejs użytkownika oraz udostępnili sporo opcji zmiany poziomu trudności. Dzięki temu można bardzo łatwo dostosować grę do umiejętności osób, które dopiero stawiają pierwsze kroki w świecie Silent Huntera. Weterani serii powinni natomiast skorzystać z opcji eksperckiej, oferującej zabawę na zdecydowanie wyższym poziomie trudności.