Shattered Memories nie jest tylko prostą konwersją przenoszącą stare dzieło na nowsze konsole. Twórcy postanowili wprowadzić szereg poważnych zmian, modyfikując nie tylko oprawę audiowizualną produktu, ale i samą treść. Użytkownicy otrzymują więc oryginalną fabułę, w której znane postacie odgrywają odmienne role, a wydarzenia nie pokrywają się do końca z tym co mogliśmy zobaczyć w pierwowzorze.

Ponownie wcielamy się w Harry’ego Masona szukającego swojej córki, która zniknęła w niewyjaśnionych okolicznościach podczas wypadku samochodowego. W odróżnieniu od pierwotnej wersji Silent Hilla wypadek rozgrywa się jednak bezpośrednio na ulicach tytułowego miasteczka. Na początku przygody nie pojawia się także znana z pierwowzoru policjantka Sybil. Tego typu pomniejszych zmian, zauważalnych przede wszystkim dla zagorzałych fanów serii, jest w nowej odsłonie mnóstwo.

Podczas zabawy przemierzamy opustoszałe ulice tajemniczego miasta i zwiedzamy rozmaite pomieszczenia, napotykając wiele przerażających istot oraz postaci pobocznych. Często rozwiązujemy też mniej lub bardziej skomplikowane łamigłówki oraz zagadki. Twórcy przygotowali wiele ciekawych rozwiązań. Przede wszystkim, gra cały czas śledzi i analizuje nasze preferencje oraz działania (przykładowo musimy rozwiązać prosty test osobowościowy). Na ich podstawie dobierane są pewne sceny, które oglądamy w przyszłości. Od decyzji gracza zależy więc niejako struktura całej fabuły.