Wszystkie gry z serii Civilization, opierają się na rozwoju cywilizacji od początków jej istnienia do czasów obecnych, a nawet, jak w przypadku Alpha Centauri, wybiegają dalej w przyszłość. Rozpoczynając grę jako jeden z przywódców wybranego historycznego narodu, musimy zadbać o rozwój naszego państwa poczynając od koczowniczego plemiona. W porównaniu z poprzednią częścią udoskonalone zostały pewne aspekty gry. Dowódcy naszych wojsk wraz z kolejnymi walkami będą zdobywali doświadczenie, dzięki czemu ich umiejętności walki wzrastają. Zmieniono zasady stref kontroli obszarów danych jednostek, przez co wzrosło znaczenie jednostek mobilnych oraz prowadzących ostrzał na odległość, takich jak katapulty, artyleria czy okręty wojenne.

Jeszcze więcej unowocześnień dotyczy polityki i dyplomacji. Wprowadzono dwupoziomową dyplomację, pozwalającą na wykorzystanie przez bardziej zaawansowanych graczy wszystkich możliwości stosunków międzynarodowych. Dla początkujących pozostawiono prostotę znaną z wcześniejszych części gry. Dodatkowo możemy handlować złotem, wynalazkami, sojuszami, mapami, miastami, jednostkami i dobrami naturalnymi.