Za Shinobido odpowiedzialni są ludzie, którzy stworzyli pierwsze dwie części słynnej sagi Tenchu, sięgającej historią aż do pierwszej konsoli PlayStation. Podobnie, jak owa powszechnie znana seria, tak i produkcja Acquire podejmuje tematykę ninja - japońskiego mordercy i najemnika, w którego mamy okazję się wcielić. Główny bohater to chory na amnezję wojownik o pseudonimie Kruk (Crow), który badając tajemnicę swego pochodzenia wciągnięty zostaje w taktyczną rozgrywkę pomiędzy trzema walczącymi o wpływy władcami, z których każdy próbuje przeciągnąć go na swoją stronę.

Gra ma wyjątkowo otwarty charakter, gdyż główny wątek fabularny przypomina o sobie tylko raz na jakiś czas – przez większość zabawy wykonujemy po prostu niezobowiązujące misje na zlecenie wybranych przez nas władców, w wyborze których mamy całkowitą dowolność. Nasze działania mają realny wpływ na naruszenie początkowej równowagi sił i tylko od nas zależy, którego z daymio postanowimy doprowadzić do ostatecznego zwycięstwa. Z tego też względu gra ma aż 4 różne zakończenia – po jednym dla każdego władcy oraz jedno dodatkowe, ukryte specjalnie dla najdociekliwszych.

Sama rozgrywka podobna jest do tego, do czego przyzwyczaiło nas Tenchu. Każdą misję wykonać możemy na kilka sposób, samodzielnie znajdując drogę do celu i decydując, czy wolimy uniknąć wykrycia, czy tez urządzić krwawą rzeź. Nasze wyczyny są oceniane przez zleceniodawców i im efektowniej uporamy się z zadaniem, tym większe wynagrodzenie otrzymamy. To z kolei wydać będziemy mogli na lepszy sprzęt oraz rozbudowę ogrodu naszej posiadłości.