Fabuła gry rozpoczyna się w pół roku po wydarzeniach z znanych z Shinobido: Tales of the Nina.

Gracze wcielają się w wychowanego przez klan Asuka, opuszczonego przez przyjaciół i sojuszników,

wojownika ninja o imieniu Zen. Akcja gry, rozgrywająca się w XVI-wiecznej Japonii, przenosi nas do

fikcyjnej prowincji Utakata, stojącej na krawędzi wojny domowej pomiędzy

wrogimi frakcjami i arystokratycznymi rodami. 

Głównym zadaniem graczy jest wykonywanie kolejnych zleceń i misji, które w większości

wymagają cichej i szybkiej eliminacji konkretnych osób lub dostarczania wiadomości bądź paczek.

Zadania wykonujemy odwiedzając zamki i rezydencje potężnych feudalnych władców, ale

również świątynie i miasta. Lokacje, co charakterystyczne dla gier z serii, są wyjątkowo rozległe

i wielopoziomowe. Ich projektanci pozwalają graczom na wynajdowanie i korzystanie z wielu ścieżek i dróg,

którymi można podążać do celu.

W czasie rozgrywki, Zen musi zachować czujność, unikać wzroku nieprzyjaciół i starać się nie zwracać

na siebie uwagi. Nasz bohater może ukrywać się w cieniu, wspinać się i biegać po dachach, a także

korzystać z umiejętności i używać wielu specyficznych narzędzi, broni czy pułapek, znanych

jedynie wojownikom ninja. Wrogów pokonujemy najczęściej od tyłu lub z zaskoczenia. Jeżeli pierwsze

uderzenie się nie powiedzie, a strażnicy zostaną zaalarmowani o naszej obecności, możemy

spróbować walczyć lub uciec i ukryć się przed pościgiem.

Shinobido 2 wykorzystuje przedni ekran dotykowy konsoli, dzięki czemu możemy intuicyjnie sterować

kamerą oraz szybciej namierzać przeciwników i zadawać im zabójcze ciosy. Każdy z wrogów oznaczony

jest specyficzną ikoną widoczną na ekranie gry, która po dotknięciu i przeciągnięciu pozwala nam

zwrócić kamerę jego w stronę. Kolor ikony zmienia się w zależności od tego czy cel zdaje

sobie sprawę z naszej obecności czy pozostaje w błogiej nieświadomości. Dotykając ekranu,

możemy również włączyć mapę lub przełączyć się do widoku z oczu bohatera.